| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,378,786 | C→T | 6.2% | intergenic (+254/‑111) | argR → / → yhcN | l‑arginine‑responsive arginine metabolism regulon transcriptional regulator/cadmium and peroxide resistance protein, stress‑induced |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,378,786 | 0 | C | T | 6.2% | 1302.5 / 52.2 | 357 | intergenic (+254/‑111) | argR/yhcN | l‑arginine‑responsive arginine metabolism regulon transcriptional regulator/cadmium and peroxide resistance protein, stress‑induced |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (189/145); new base T (13/9); total (203/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
TGTCATTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCGTATTTTTAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTAAGCGTACTT > CP009273/3378638‑3378935 | aTTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCGTATTTTTAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGaaa < 1:2452958/150‑1 (MQ=255) tCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCGTATTTTTAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACa > 1:2530470/1‑150 (MQ=255) cacacaATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTCATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCGTATTTGTAAGTCTTTGTTGTTATTAAAATTCACATGTGTAACACTTAGTATCAACTGACACAg > 2:3483191/1‑150 (MQ=255) 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ttattaTCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCAtt < 2:4103743/150‑1 (MQ=255) tAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTa > 2:2232037/1‑150 (MQ=255) aGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTaa > 2:3405544/1‑150 (MQ=255) aGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTaa < 2:1175535/150‑1 (MQ=255) gTATCAACTTAAACATTTAGCTCGTTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAAAAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGATGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTAAg < 1:4022463/150‑1 (MQ=255) gTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTAAg < 1:3030804/150‑1 (MQ=255) tATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTAAGc > 2:4776980/1‑150 (MQ=255) aTCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTAAGCg < 2:803036/150‑1 (MQ=255) tCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTAAGCGt < 1:1670560/150‑1 (MQ=255) aCTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCCATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTAAGCGTACt < 1:2507242/150‑1 (MQ=255) aCTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGTAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTAAGCGTACt < 2:3013262/150‑1 (MQ=255) cTGAAACTGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTAAGCGTACtt < 1:3518738/150‑1 (MQ=255) | TGTCATTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCGTATTTTTAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACAAAGGCCCAGCTAAAAGATTATGTCGAGGTAAAAATCATGAAAATCAAAACCACTGTTGCTGCATTAAGCGTACTT > CP009273/3378638‑3378935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |