| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,385,720 | C→A | 5.3% | intergenic (‑333/+97) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,385,720 | 0 | C | A | 5.3% | 1178.3 / 29.1 | 319 | intergenic (‑333/+97) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (148/154); new base A (13/4); total (161/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGCGGAT > CP009273/3385572‑3385869 | gTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGTTACGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgcggcg > 2:461977/1‑150 (MQ=17) ccTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGccc > 1:4466980/1‑150 (MQ=35) gATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTAt > 2:558643/1‑150 (MQ=37) gATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTAt > 2:1068102/1‑150 (MQ=37) aaGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCg > 1:3003526/1‑150 (MQ=37) aCGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAGGCGGCGTGACCGCCCTATCCGAcc > 2:3779104/1‑150 (MQ=255) gCACAGCGTCGATTAAGGCAACGGCTGCGGTATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTa < 2:1420060/150‑1 (MQ=11) caccGCTTCGCATCTGGAACCGGCGGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTCCGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTAc < 2:1005273/150‑1 (MQ=11) cacaGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTAc > 2:3108271/1‑150 (MQ=37) agactCGTATCAGGCAAGGGCTGCCGGATGGGGCTTAAACGCCTATTCCGACCTTGGTTTATGGTCCGTTTGTTGGCCTGTTAAGTCGCACAGCGTGGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGt < 2:5036829/146‑1 (MQ=11) aGCGTCGCATCTGGCACCGGCTGCCGGAGGCGGGTTATAGGCCTTACCCTACATCCTTTTATTTTCCGTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATATGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGt < 2:2848295/150‑1 (MQ=11) gTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAGGCGGCGTAACCGCCTTATCCGCCCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTAt < 2:4111658/150‑1 (MQ=255) tCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGAGTTAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATg > 1:2824609/1‑150 (MQ=21) cGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGt > 1:2088906/1‑150 (MQ=37) cATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTc > 2:3373888/1‑150 (MQ=37) acccggCAACGCCTCCCGTATGCGGCGTAAACGCCTTATCCTACCTTCGTTTATTTTCCGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACCGCTACGCTTCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTcn < 1:4566320/146‑2 (MQ=11) aTCAGGCAACGGCTGCCGGTTGCGGCGTAAACGCCTTACCCGACCTACGGTTATGTTCGGTTTGTCGGCCTGTTACGACGCACCGCGTCGCATCTGGAAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCt < 1:1022059/150‑1 (MQ=11) aTCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCt > 1:664249/1‑150 (MQ=38) actggCAACGGCTGCCGGTTGCGGCGTTAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTACCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTg < 1:2582495/147‑1 (MQ=255) cAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCCTCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTgg > 2:2207820/1‑150 (MQ=255) cAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTgg > 2:1750285/1‑150 (MQ=39) aGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGc > 1:1964398/1‑150 (MQ=40) tcacgggCTGCCGGAGGCGGCGTAACCGCCTTACCCGACCTCGGGTTTTGTGCGGTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTc < 2:2005084/145‑1 (MQ=14) gCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTACACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTc < 2:2278820/150‑1 (MQ=255) gCAACGGCTCGCTGTTGCGGCGTAAACGCCTTAACCTCCCTCCGGTTATGTTCCGTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACACCGTCGCTACAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTc < 2:4355339/150‑1 (MQ=14) ggCTGCCGGTTGGGGCTTAACCGCCTTATCCGACCTTCGTTTTTTTTCGTTTTGTTGGCCTTATAATACGCACCGGGTCGCATCAGGAAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTgg < 1:3450662/150‑1 (MQ=14) ggCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGAGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTgg > 2:1020107/1‑150 (MQ=255) ggCCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCGACCTACGGTTTTGTTCCGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCCCCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCt < 1:1734823/149‑1 (MQ=14) aggATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTAGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGACCGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTg > 2:2686845/2‑150 (MQ=255) gATGCGGCCTAACCGCCTTATCCGACCTACGGTCCTGTCCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCTCAGCGTCGCAACAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGc < 2:3850626/150‑1 (MQ=17) ctgcgTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACg > 2:901566/3‑150 (MQ=255) ggttAAACGCCTTAGCCGCCCTACGTTATTGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCCCAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGTCCTTTGGCAACGAt < 1:1563267/147‑1 (MQ=17) gcgTAACCCCCTTATCCGCCCTCCGGTTATGTACCGTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGAt < 1:3565351/150‑1 (MQ=17) 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cGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTAcgc > 1:405709/1‑150 (MQ=255) gTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTAcgcg < 1:3738813/150‑1 (MQ=255) tCGCATCCGGCAACGGCTGCCGGCTGCGGCGTGCACGCCCTATCCGACCGACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCgg < 1:3256921/150‑1 (MQ=255) tCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCgg > 2:2234329/1‑150 (MQ=255) gcttctggCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGtt < 1:1211084/144‑1 (MQ=255) cATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTg < 1:3388151/150‑1 (MQ=255) tCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTTAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGgc < 2:2052385/150‑1 (MQ=255) tCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACTGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGgc < 1:4192564/150‑1 (MQ=255) aGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGgcgc > 1:2419900/1‑150 (MQ=255) aaCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAaca < 1:3709437/150‑1 (MQ=255) aCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGAc < 2:1170309/36‑1 (MQ=40) ggCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACtt > 2:676514/1‑150 (MQ=255) cTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCg < 1:144228/150‑1 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGtt < 2:4173702/150‑1 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGtt > 1:594189/1‑150 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGtt < 1:358621/150‑1 (MQ=255) aTGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCATCTATTATCCTATGAGATTTGGGCAATTACTAGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGAGGTTTGCTCAACACTTCGTTGAttt < 2:1581073/150‑1 (MQ=255) aTGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGAttt < 2:1114186/150‑1 (MQ=255) gcggcgTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGc < 1:789373/150‑1 (MQ=255) gcggcgTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGc < 1:90438/150‑1 (MQ=255) cgTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGCGGAt < 2:4759364/150‑1 (MQ=255) cgTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGCGGAt < 2:4759167/150‑1 (MQ=255) | GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGCGGAT > CP009273/3385572‑3385869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |