| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,386,303 | A→T | 14.3% | I1105I (ATT→ATA) | yhdP ← | DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,386,303 | 0 | A | T | 14.3% | 1031.8 / 145.9 | 350 | I1105I (ATT→ATA) | yhdP | DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (169/131); new base T (25/25); total (194/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
TGGAGTCAAAATAGAACCCTTCGCCAAAAGTGTCTCTGAAATCAAAACGCAGCTTACGCATCAGGGCATCTACGCTCAATAAGCGCAGCAATTGCCCGGCATGTCCGGTATTGATTTCGGTAATTTCGCCTTTACCCAGTTGAGTATGAATGATGCCATTCAACGTCGCTTCATCTGGCTGCCAGGGTGCTTTGCGCCAGTGTAAATCGTAATCCACATTAAATGACGACTGGCGTATGGGCGTCGTGACACCAAAAAATTCTGCGGCGGCATCAATTTTCTGCCCGCGCAGTTTTCC > CP009273/3386155‑3386452 | gAGTCAAAATAGAACCCTTCGCCAAAAGTGTCTCTGAAATCAAAACGCAGCTTACGCATCAGGGCATCTACGCTCAATAAGCGCAGCAATTGCCCGGCATGTCCGGTATTGATTTCGGTAATTTCGCCTTTACCCAGTTGAGTatgaatg < 2:1512895/150‑1 (MQ=255) gTCAAAATAGAACCCTTCGCCAAAAGTGTCTCTGAAATCAAAACGCAGCTTACGCATCAGGGCATCTACGCTCAATAAGCGCAGCAATTGCCCGGCATGTCCGGTATTGATTTCGGTAATTTCGCCTTTACCCAGTTGAGTATGAatgat < 2:4346601/150‑1 (MQ=255) tCAAAATAGAACCCTTCGCCAAAAGTGTCTCTGAAATCAAAACGCAGCTTACGCATCAGGGCATCTACGCTCAATAAGCGCAGCAATTGCCCGGCATGTCCGGTATTGATTTCGGTAATTTCGCCTTTACCCAGTTGAGTATGAatgatg > 2:2080423/1‑150 (MQ=255) 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tATGAATGATGCCATTCAACGTCGCTTCATCTGGCTGCCAGGGTGCTTTGCGCCAGTGTAAATCGTAATCCACATTAAATGACGACTGGCGTATGGGCGTCGTGACACCAAAAAATTCTGCGGCGGCATCAATTTTCTGCCCGCGCAGtt > 2:2231425/1‑150 (MQ=255) tATGAATGATGCCATTCAACGTCGCTTCATCTGGCTGCCAGGGTGCTTTGCGCCAGTGTAAATCGTAATCCACATTAAATGACGACTGGCGTATGGGCGTCGTGACACCAAAAAATTCTGCGGCGGCATCAATTTTCTGCCCGCGCAGtt > 1:1640446/1‑150 (MQ=255) | TGGAGTCAAAATAGAACCCTTCGCCAAAAGTGTCTCTGAAATCAAAACGCAGCTTACGCATCAGGGCATCTACGCTCAATAAGCGCAGCAATTGCCCGGCATGTCCGGTATTGATTTCGGTAATTTCGCCTTTACCCAGTTGAGTATGAATGATGCCATTCAACGTCGCTTCATCTGGCTGCCAGGGTGCTTTGCGCCAGTGTAAATCGTAATCCACATTAAATGACGACTGGCGTATGGGCGTCGTGACACCAAAAAATTCTGCGGCGGCATCAATTTTCTGCCCGCGCAGTTTTCC > CP009273/3386155‑3386452 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |