Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,411,136 | G→T | 11.7% | A915A (GCG→GCT) | acrF → | multidrug efflux system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,411,136 | 0 | G | T | 11.7% | 1013.5 / 74.1 | 292 | A915A (GCG→GCT) | acrF | multidrug efflux system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (114/143); new base T (15/20); total (129/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
CGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGAGAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGAT > CP009273/3410987‑3411285 | cGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGgcggcg < 1:3877411/150‑1 (MQ=255) gCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGa > 2:3764659/1‑150 (MQ=255) gCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCGGGTAGCACTGTCCTGTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAAGTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGa < 2:4873493/150‑1 (MQ=255) tATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGacac > 1:4646972/1‑150 (MQ=255) tATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGacac > 2:3645779/1‑150 (MQ=255) cGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCTACActct > 2:4158211/1‑150 (MQ=255) gggAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCTACACTCtt < 2:1089291/150‑1 (MQ=255) aaCCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAAt < 1:3938905/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTGTGGGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCGGCTGGCGGCGACACTCTGTAATcc > 2:3788135/1‑149 (MQ=255) cAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTGTGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCTACACTCTTTAATCaa > 1:2467291/1‑150 (MQ=255) cAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCaa > 1:2530537/1‑150 (MQ=255) aGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGGTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCTACACTCTTTAATCaaa > 1:3595143/1‑150 (MQ=255) ggCTCCCGCTCGGGTAGCAATGTCCTGTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATGCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCaaaa < 2:4108082/150‑1 (MQ=255) tCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCaaaaaaa > 2:2280273/1‑150 (MQ=255) cccGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAAt > 1:3208813/1‑150 (MQ=255) ccGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCTACACTCTTTAATCAAAAAAATg > 1:4218186/1‑150 (MQ=255) ctctGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACg < 2:5016129/150‑1 (MQ=255) tGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCt > 1:2104354/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |