| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,444,570 | G→T | 5.1% | R52S (CGT→AGT) | rplB ← | 50S ribosomal subunit protein L2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,444,570 | 0 | G | T | 5.1% | 1303.2 / 27.3 | 330 | R52S (CGT→AGT) | rplB | 50S ribosomal subunit protein L2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (142/170); new base T (10/8); total (152/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
CGTTCACCGTCTTTGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGACCACCGGATTTGCTGTTTTTTTCCAGCAACGGAGCAAAAGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTG > CP009273/3444422‑3444719 | tCACCGTCTTTGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAgtg > 2:914911/1‑150 (MQ=255) cGTCTTTGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGa > 2:3024797/1‑150 (MQ=255) gTCTTTGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGAt < 2:1980953/150‑1 (MQ=255) cTTTGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATAc > 2:3054536/1‑150 (MQ=255) cTTTGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATAc < 1:4818843/150‑1 (MQ=255) ttGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACgg < 1:4335977/150‑1 (MQ=255) tGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGc > 1:1643804/1‑150 (MQ=255) gTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGcc > 2:2557431/1‑150 (MQ=255) aGAACCAGCTCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACAGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCAttg > 2:3820294/1‑150 (MQ=255) aGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACTAGTGGTGATACGGCCAttg > 2:1319069/1‑150 (MQ=255) aGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTa > 1:1212724/1‑150 (MQ=255) aGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTa < 2:4772354/150‑1 (MQ=255) gcgATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGa > 2:3868974/1‑150 (MQ=255) cgATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGac > 2:171330/1‑150 (MQ=255) gATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGacc > 1:5112594/1‑150 (MQ=255) tGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGaccac > 2:712445/1‑150 (MQ=255) gTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACTAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGaccacc < 1:1201248/150‑1 (MQ=255) gTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGaccacc < 1:3097136/150‑1 (MQ=255) 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ccGATCTGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGACCACCGGATTTGCTGTTTTTTTCCAGCAACGGAGCAAAAGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACAt < 2:1366670/150‑1 (MQ=255) gAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGACCACCGGATTTGCTGTTTTTTTCCAGCAACGGAGCAAAAGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTg < 1:4780197/150‑1 (MQ=255) | CGTTCACCGTCTTTGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGACCACCGGATTTGCTGTTTTTTTCCAGCAACGGAGCAAAAGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTG > CP009273/3444422‑3444719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |