Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,490,359 | C→T | 7.5% | intergenic (+123/‑3) | nirD → / → nirC | nitrite reductase, NAD(P)H‑binding, small subunit/nitrite transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,490,359 | 0 | C | T | 7.5% | 1132.6 / 56.7 | 318 | intergenic (+123/‑3) | nirD/nirC | nitrite reductase, NAD(P)H‑binding, small subunit/nitrite transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (189/104); new base T (13/11); total (203/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
GACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTCACGCTCGGT > CP009273/3490210‑3490508 | cGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCaa > 1:4749979/1‑150 (MQ=255) cGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAGTCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATg < 2:3315613/150‑1 (MQ=255) gtggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGt > 1:164184/1‑150 (MQ=255) gtggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGt < 1:1815253/150‑1 (MQ=255) gtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATTAAATGTTTa < 1:4997814/150‑1 (MQ=255) gCAGCTGCGCGGTTAATGTATTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTATTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACa < 2:3722235/150‑1 (MQ=255) aGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGa < 1:774368/150‑1 (MQ=255) aGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAGTTTTTAAACTGTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGa > 2:713576/1‑150 (MQ=255) gCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGac < 2:4904334/150‑1 (MQ=255) cTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCGTTGTGCATGGTCCTGTAATAATCGTCGGTATATTGCAGGACATTGGTTAAACGTGGTGTTTTAGTTTGTGGTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGaca > 2:645598/1‑150 (MQ=255) cgcgGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTa < 1:4528510/150‑1 (MQ=255) gctgTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTAt < 1:1016555/147‑1 (MQ=255) cgGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTAtt > 2:1945559/1‑150 (MQ=255) gTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACATACACTATtaa > 1:2125351/1‑150 (MQ=255) ttAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATtaat > 2:2018668/1‑150 (MQ=255) ttAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATtaat > 2:2079283/1‑150 (MQ=255) ttAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATtaat < 2:250122/150‑1 (MQ=255) aaTGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATtaataa > 1:2403322/1‑150 (MQ=255) aTGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAg < 2:1684341/150‑1 (MQ=255) tGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAgt > 1:4098543/1‑150 (MQ=255) ttttAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAgtgt > 2:2171550/1‑150 (MQ=255) aaCGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTGGCATGGTCCTGTAAGAATCGTCGGTATATTGCAGGACAGTGTTTAAACGGTGGGGGGGCGGTGTGGGTTTTCTTTGTTAAAGGATAATCAACTGTTTACAGACACGATTAATAAGTGTGCgg > 2:4670735/1‑150 (MQ=255) aCGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGc < 1:4159012/150‑1 (MQ=255) cGGGAGGCGCAATGCCTCCCCATTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCt < 2:4235905/150‑1 (MQ=255) aGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACg > 2:3923773/1‑150 (MQ=255) cAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTgcg > 1:3483127/1‑150 (MQ=255) aTGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTgcgcg < 1:623704/150‑1 (MQ=255) tGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTgcgcgc > 1:1763308/1‑150 (MQ=255) gCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCa < 2:2345551/150‑1 (MQ=255) ccccTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATTAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGc > 1:1158511/1‑150 (MQ=255) ccccTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGc < 1:1404549/150‑1 (MQ=255) ttGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTg > 2:2879650/1‑150 (MQ=255) ttGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTg > 1:4680947/1‑150 (MQ=255) tGCATGGTTCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGt < 2:2651233/150‑1 (MQ=255) tGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAATGATAATCAAATTTTTACATACAATATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGt > 1:1273968/1‑150 (MQ=255) tGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGATGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGc > 2:1433568/1‑150 (MQ=255) tGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATaa > 2:4546543/1‑150 (MQ=255) gTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTGTTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAAc < 1:3092541/150‑1 (MQ=255) gTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAAc > 1:211318/1‑150 (MQ=255) aataatCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAAccc > 2:1127350/1‑150 (MQ=255) ataatCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTCTTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCTCGCCTGTCGGCAAATAACCCg > 2:3250605/1‑150 (MQ=255) atCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTc < 1:4288257/150‑1 (MQ=255) cTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCgg > 1:2958683/1‑150 (MQ=255) 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gCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAg > 1:395756/1‑150 (MQ=255) gCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAg > 1:3371134/1‑150 (MQ=255) cAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGc > 2:558432/1‑150 (MQ=255) cAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGc > 1:1898261/1‑150 (MQ=255) gACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTGTGGGTCAGCTcc > 1:1542426/1‑150 (MQ=255) 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ttAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGAtt > 1:2350746/1‑150 (MQ=255) ttAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGAtt > 1:702212/1‑150 (MQ=255) aaaGGATAATTAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGAtttt < 1:1065482/150‑1 (MQ=255) aaaGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGAtttt > 2:4001500/1‑150 (MQ=255) aaGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGTGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTc > 2:5036285/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |