| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,551,503 | T→C | 17.6% | intergenic (‑65/‑124) | rtcB ← / → rtcR | RNA‑splicing ligase/sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,551,503 | 0 | T | C | 17.6% | 896.7 / 178.2 | 336 | intergenic (‑65/‑124) | rtcB/rtcR | RNA‑splicing ligase/sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (134/143); new base C (33/26); total (167/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
GCTGACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGTGGCTTTTGGCT > CP009273/3551354‑3551651 | aCGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAagc < 2:583862/150‑1 (MQ=255) gcgcATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGTGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAATCAagcag < 1:1095439/150‑1 (MQ=255) cgcATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAagcagc < 1:3730590/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |