| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,647,164 | C→A | 6.5% | intergenic (+91/‑157) | yhiS → / → slp | pseudogene/outer membrane lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,647,164 | 0 | C | A | 6.5% | 1275.0 / 39.7 | 330 | intergenic (+91/‑157) | yhiS/slp | pseudogene/outer membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (165/143); new base A (10/12); total (175/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
AAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTTTAAAACAATGCACTATATTATGGGGTGATGGATATTCATGTCACGCCCCAAAATTAACTGAGTTCACCTAAACAGAAAGGATATAAACATCAGACAGGTTTACGTTACTATCAGGCATATCACCTCAGAATCAGATGAAAACTATAAAGAAATATCTATTATGGTTTTAATATTTGTTGATAAGGA > CP009273/3647015‑3647313 | aaataCCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTTTAAAACAATGCACTATATTATGGGGTGATGGATATTc > 2:3087405/1‑150 (MQ=255) ataCCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTTTAAAACAATGCACTATATTATGGGGTGATGGATATTCAt > 1:1046421/1‑150 (MQ=255) ataCCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTTTAAAACAATGCACTATATTATGGGGTGATGGATATTCAt < 2:792192/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |