| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,652,706 | G→T | 5.4% | V39F (GTC→TTC) | mdtE → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,652,706 | 0 | G | T | 5.4% | 1281.6 / 27.7 | 321 | V39F (GTC→TTC) | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (140/163); new base T (11/7); total (151/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
AACCGTTATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCG > CP009273/3652558‑3652855 | aaCCGTTATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTgtcgt < 1:3644124/150‑1 (MQ=255) gTTATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTcaca > 2:3771231/1‑150 (MQ=255) ttATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCacac > 1:5080042/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |