| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,656,367 | C→A | 12.8% | A865E (GCG→GAG) | mdtF → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,656,367 | 0 | C | A | 12.8% | 934.1 / 78.6 | 281 | A865E (GCG→GAG) | mdtF | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (123/120); new base A (20/17); total (144/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
ACGCTACAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCG > CP009273/3656218‑3656516 | gCTACAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGt > 1:1642641/1‑150 (MQ=255) cAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATc < 2:3701904/150‑1 (MQ=255) cAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGAGTTATc < 1:2772276/150‑1 (MQ=255) 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cAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTc > 1:582065/1‑150 (MQ=255) aaTGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTcc < 1:3138104/150‑1 (MQ=255) aTGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCt < 2:1944303/150‑1 (MQ=255) aTGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGAGTTATCCTCAAATCAGGCTCCt < 1:342079/150‑1 (MQ=255) agaTTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTgcgc < 1:3768449/150‑1 (MQ=255) ttAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTAt < 1:982201/150‑1 (MQ=255) ttAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTAt < 2:4231293/150‑1 (MQ=255) tAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATg < 2:3008949/150‑1 (MQ=255) tAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATg < 1:1240453/150‑1 (MQ=255) tAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATg < 2:4991947/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |