Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,816,686 | G→T | 8.9% | S309S (TCG→TCT) | spoT → | bifunctional (p)ppGpp synthetase II/ guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,816,686 | 0 | G | T | 8.9% | 1319.4 / 60.5 | 353 | S309S (TCG→TCT) | spoT | bifunctional (p)ppGpp synthetase II/ guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (158/162); new base T (8/25); total (166/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.97e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 376 total aligned reads displayed.
ATCTACGCTTTCCGCGTGATCGTCAATGATTCTGACACCTGTTATCGCGTGCTGGGCCAGATGCACAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATCCGCGCCCAGCGCTGGAT > CP009273/3816537‑3816835 | ttCTACGCTTTCCGCGTGATCGTCAATGATTCTGACACCTGTTATCGCGTGCTGGGCCAGATGCACAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCg < 2:4110304/149‑1 (MQ=255) aTCTACGCTTTCCGCGTGATCGTCAATGATTCTGACACCTGTTATCGCGTGCTGGGCCAGATGCTCAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCg > 2:1422032/1‑150 (MQ=255) tACGCTTTCCGCGTGATCGTCAATGATTCTGACACCTGTTATCGCGTGCTGGGCCAGATGCTCAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCgatg < 2:1526344/150‑1 (MQ=255) 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tGCTGGGCCAGATGCTCAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAg < 1:5020842/150‑1 (MQ=255) gCCAGATGCTCAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATgg > 2:4763308/1‑150 (MQ=255) gCCAGATGCTCAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATgg > 2:3625087/1‑150 (MQ=255) cAGATGCACAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGAc > 1:2312515/1‑150 (MQ=255) aTGCTCAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAg > 2:4231012/1‑150 (MQ=255) 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attCTTTGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATcc > 1:4844986/3‑150 (MQ=255) tttGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATCCgcgc > 1:2028906/1‑150 (MQ=255) tGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATCCGCGccc < 1:3201302/150‑1 (MQ=255) tGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATCCGCGccc < 2:1684459/150‑1 (MQ=255) gCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATCCGCGCCCa > 2:2707454/1‑150 (MQ=255) 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cGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATCCGCGCCCAGCGCTGGa < 1:4389869/150‑1 (MQ=255) gatgatCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATCCGCGCCCAGCGCTGGAt > 1:2544926/1‑150 (MQ=255) | ATCTACGCTTTCCGCGTGATCGTCAATGATTCTGACACCTGTTATCGCGTGCTGGGCCAGATGCACAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATCCGCGCCCAGCGCTGGAT > CP009273/3816537‑3816835 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |