Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 542,200 | Δ1 bp | 92.7% | coding (65/1668 nt) | fdrA → | putative NAD(P)‑binding acyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 542,200 | 0 | G | . | 92.7% | 1452.0 / 109.8 | 313 | coding (65/1668 nt) | fdrA | putative NAD(P)‑binding acyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/10); new base . (160/130); total (173/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
TTTACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACGAAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTTAATAACGCCACGCCGAACGATATTTGCGTGGCAATTCGTAGCGAA > CP009273/542053‑542348 | tACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACaaaac > 1:4104234/1‑149 (MQ=255) tACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACaaaac > 1:299752/1‑149 (MQ=255) tGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGa < 1:947159/150‑1 (MQ=255) cATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACGAAAACTCAGCGAAt > 2:551868/1‑150 (MQ=255) cATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATc < 1:1728986/150‑1 (MQ=255) cATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACCGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACGAAAACTCAGCGAAt > 2:1824964/1‑150 (MQ=255) cATCGAAACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATc > 1:2471757/1‑150 (MQ=255) cGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGa > 1:1389661/1‑150 (MQ=255) gATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGaa > 2:2238209/1‑150 (MQ=255) aTACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGaaa > 2:3335011/1‑150 (MQ=255) aCCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAAt < 2:920238/150‑1 (MQ=255) aCCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAAt < 2:1815881/150‑1 (MQ=255) aCCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAAt < 2:3998845/150‑1 (MQ=255) cGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGt > 1:859695/1‑150 (MQ=255) aaTCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTtga > 2:1328840/1‑150 (MQ=255) aaTCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATGTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTCAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTtga > 2:2841962/1‑150 (MQ=255) aTCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTtgat < 2:1080288/150‑1 (MQ=255) cacaTTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGAGGt > 2:2295930/1‑150 (MQ=255) 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attaAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTGTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGAtt < 2:4291561/150‑1 (MQ=255) taAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGAtttt > 1:1067181/1‑150 (MQ=255) taAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGAtttt > 1:5311/1‑150 (MQ=255) aaaaaaGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTta < 2:794201/150‑1 (MQ=255) aaaaaGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTtaa < 1:3457744/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |