| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,587,029:1 | +G | 89.9% | coding (101/699 nt) | ypfH ← | palmitoyl‑CoA esterase activity, uncertain physiological substrate |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,587,029 | 1 | . | G | 89.9% | 888.8 / 98.8 | 248 | coding (101/699 nt) | ypfH | palmitoyl‑CoA esterase activity, uncertain physiological substrate |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (10/15); new base G (120/103); total (130/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
ATCGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAATTTTACGCCGCTGACT > CP009273/2586882‑2587172 | gCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACGACTTACGCCCCGCCGGATTACCTCTCGGCTGCGCGCCACAGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑gcccc > 1:1799531/1‑150 (MQ=255) gCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑gcccc > 1:564647/1‑150 (MQ=255) gCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑gcccc < 1:3231058/150‑1 (MQ=255) cATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑gccccc < 2:287015/150‑2 (MQ=255) cATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑CCCCCa < 2:2852361/150‑1 (MQ=255) ccACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCAtt < 1:2888873/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCAcc > 2:3656060/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCAcc > 2:4445526/1‑150 (MQ=255) gcCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCgg > 1:4157485/1‑150 (MQ=255) cTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGt < 2:461345/150‑1 (MQ=255) ggCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTa > 1:1838114/1‑150 (MQ=255) cGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATc > 1:2213236/1‑150 (MQ=255) cGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACAACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATc > 1:4449532/1‑150 (MQ=255) gATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGTCTCCGCGCCACCGACACTCACAACCAGCGAATCAGGAAACATCGTTGCAAACCAGTTGCATAATTG‑CCACCATAGCAACCGGGTTATca > 2:1684819/1‑149 (MQ=255) aTTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATccc > 1:84326/1‑150 (MQ=255) aTTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATccc > 1:2564963/1‑150 (MQ=255) ttATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATcccc < 1:3642636/150‑1 (MQ=255) ttATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATcccc > 2:2323613/1‑150 (MQ=255) tATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCg < 2:2702482/150‑1 (MQ=255) tCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGac > 2:2604720/1‑150 (MQ=255) tCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGac > 1:2749725/1‑150 (MQ=255) ccGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCg > 2:540263/1‑150 (MQ=255) ccGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCg > 2:2824167/1‑150 (MQ=255) ccGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCCCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCCTTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCg < 2:2346378/150‑1 (MQ=255) gTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTg < 1:3109861/150‑1 (MQ=255) tACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGaaa > 1:4068695/1‑150 (MQ=255) tACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGaaa < 1:1592961/150‑1 (MQ=255) tACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGaaaa < 1:275961/150‑1 (MQ=255) aCCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGaaaa < 1:706359/150‑1 (MQ=255) aCCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGaaaa > 2:3717663/1‑150 (MQ=255) aCCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGaaaa < 1:1175945/150‑1 (MQ=255) cccTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAg > 1:1698204/1‑150 (MQ=255) cccTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAg > 2:180610/1‑150 (MQ=255) ccTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGc < 1:1722091/150‑1 (MQ=255) ccTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGc < 1:3976608/150‑1 (MQ=255) gCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGt > 2:3490983/1‑150 (MQ=255) cGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTaacaa < 1:2660474/150‑1 (MQ=255) aaaaCCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTaacaac > 2:1189900/1‑150 (MQ=255) 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cTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTgcg > 1:26164/1‑150 (MQ=255) cTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTgcg < 2:731406/150‑1 (MQ=255) gACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCa > 2:1389494/1‑150 (MQ=255) gACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCa > 1:422367/1‑150 (MQ=255) gCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGtt > 2:268734/1‑150 (MQ=255) ccccGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGtt < 2:3069709/150‑1 (MQ=255) cgGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCgg > 1:3014255/1‑150 (MQ=255) gATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCggg < 1:2270506/150‑1 (MQ=255) aCCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCttt < 1:2104356/150‑1 (MQ=255) aCCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCttt < 2:3583282/150‑1 (MQ=255) ccGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTg < 1:3293953/150‑1 (MQ=255) ccGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTg < 1:1506173/150‑1 (MQ=255) cTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGaac > 1:434463/1‑150 (MQ=255) cTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGaac > 1:2611203/1‑150 (MQ=255) cGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGaacaac > 2:2847063/1‑150 (MQ=255) ggCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGaacaac > 1:449318/1‑150 (MQ=255) ggCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAacaaca < 2:1337302/150‑1 (MQ=255) ggCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAacaaca < 2:4276433/150‑1 (MQ=255) gCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAacaaca < 1:2595717/150‑1 (MQ=255) gCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCT‑ATTTGCCCCCATCGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAacaaca < 1:46258/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |