| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360652 = | 301 (1.160) | 7145 (41.360) +AATTAATGTAAGTTAGCGCGAATTGATCTGGTTTGACAGCTTATCA |
186/186 | NT | 97.5% | intergenic (‑586/+9) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 1317577 | 256 (0.990) | coding (101/882 nt) | yciV | PHP domain protein | |||||
Only 100 of 13269 total aligned reads displayed.
CCCGATACGGCTCATGGATGGTGTTTCGGGTCGGGTGAATCTTGTTGATGGCGATATGGATGTGCAGGTTGTCGGTGTCGTGATGCACGGCACTGACGCGCTGATGCTCGGCGAAGCCAAGCCCAGCGCAGATGCGGTCCTCAATCGCGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCACCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGATTGCC > CP009273/360504‑360801 | cttgagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgc > 2:1930758‑M1/149‑150 (MQ=255)cttgagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgc < 1:2385684‑M1/2‑1 (MQ=255) tgagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgcgt < 2:2178180‑M1/4‑1 (MQ=255) acacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCt < 2:2342621‑M1/10‑1 (MQ=255) acacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCt > 1:2892382‑M1/141‑150 (MQ=255) acacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCt < 2:3203884‑M1/10‑1 (MQ=255) acgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCa > 2:764537‑M1/139‑150 (MQ=255) gaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACt > 2:1457527‑M1/137‑150 (MQ=255) gaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACt > 2:698674‑M1/137‑150 (MQ=255) cATGGATGGTGTTTCGGGTCGGGTGAATCTTGTTGATGGCGATATGGATGTGCAGGTTGTCGGTGTCGTGATGCACGGCACTGACGCGCTGATGCTCGGCGAAGCCAAGCCCAGCGCAGATGCGGTCCTCACTCGCGCGTTGCGCTCACt < 2:2771802/150‑1 (MQ=255) cagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCtt > 2:346905‑M1/129‑150 (MQ=255) agtgatttactacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCttt > 1:1399428‑M1/128‑150 (MQ=255) agtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCttt > 1:2068627‑M1/128‑150 (MQ=255) agtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaactgacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCttt > 2:3105988‑M1/128‑150 (MQ=255) tgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTcc > 2:4055575‑M1/126‑150 (MQ=255) atttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAg > 1:1000305‑M1/124‑150 (MQ=255) atttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAg < 2:552312‑M1/27‑1 (MQ=255) tttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGt > 2:3014753‑M1/123‑150 (MQ=255) 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tcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGGATTGGGCGCCAGGGTGGTTGTGCTTTTCAcc < 2:2482733‑M1/124‑1 (MQ=255) caattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCa > 1:2133737‑M1/26‑150 (MQ=255) ttcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTg < 1:1095653‑M1/128‑1 (MQ=255) tcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGTGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTga > 2:2253447‑M1/22‑150 (MQ=255) cgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTgag > 1:4183593‑M1/21‑150 (MQ=255) 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aattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGAt < 2:3975563‑M1/146‑1 (MQ=255) gcgTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGATTGcc > 2:622678/1‑150 (MQ=255) | CCCGATACGGCTCATGGATGGTGTTTCGGGTCGGGTGAATCTTGTTGATGGCGATATGGATGTGCAGGTTGTCGGTGTCGTGATGCACGGCACTGACGCGCTGATGCTCGGCGAAGCCAAGCCCAGCGCAGATGCGGTCCTCAATCGCGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCACCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGATTGCC > CP009273/360504‑360801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |