| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,444,570 | G→T | 7.6% | R52S (CGT→AGT) | rplB ← | 50S ribosomal subunit protein L2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,444,570 | 0 | G | T | 7.6% | 1182.1 / 41.1 | 321 | R52S (CGT→AGT) | rplB | 50S ribosomal subunit protein L2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (140/156); new base T (6/19); total (146/175) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
GCGTTCACCGTCTTTGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGACCACCGGATTTGCTGTTTTTTTCCAGCAACGGAGCAAAAGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTG > CP009273/3444421‑3444719 | cGTTCACCGTCTTTGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGa < 1:2471826/150‑1 (MQ=255) gTTCACCGTCTTTGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAg < 1:1858883/150‑1 (MQ=255) gTTCACCGTCTTTGTACAGAACCAGCGCGATGTTCGCGGAACGGTTCGGATCGTACTCAAGACGTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAg > 1:1998762/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |