| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,485,823 | 0 | C | T | 5.5% | 1038.5 / 32.3 | 293 | intergenic (‑167/‑104) | ppiA/tsgA | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase A (rotamase A)/putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (169/108); new base T (12/4); total (181/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
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cACCTCTTAAAATGCAATTTAGCAACCGATTGCAATAAAACATTTAAACAGATCACAAAATCACCTAAAATCGCCCGCTCGCGGCATATCCCGCTATGCCATTTTATTTTTGAACGCAGGCCAATCATGACTAACAGCAATCGCATCAAg > 2:4543748/1‑150 (MQ=255) ccTCTTAAAATGCAATTTAGCAACCGATTGCAATAAAACATTTAAACAGATCACAAAATCACCTAAAATCGCCCGCTCGCGGCATATCCCGCTATGCCATTTTATTTTTGAACGCAGGCCAATCATGACTAACAGCAATCGCATCAAGCt > 2:2143946/1‑150 (MQ=255) tctTAAAATGCAATTTAGCAACCGATTGCAATAAAACATTTAAACAGATCACAAAATCACCTAAAATCGCCCGCTCGCGGCATATCCCGCTATGCCATTTTATTTTTGAACGCAGGCCAATCATGACTAACAGCAATCGCATCAAGCTca > 1:2334600/1‑150 (MQ=255) ttAAAATGCAATTTAGTAACCGATTGCAATAAAACATTTAAACAGATCACAAAATCACCTAAAATCGCCCGCTCGCGGCATATCCCGCTATGCCATTTTATTTTTGAACGCAGGCCAATCATGACTAACAGCAATCGCATCAAGCTcaca > 1:228446/1‑150 (MQ=255) tAAAATGCAATTTAGCAACCGATTGCAATAAAACATTTAAACAGATCACAAAATCACCTAAAATCGCCCGCTCGCGGCATATCCCGCTATGCCATTTTATTTTTGAACGCAGGCCAATCATGACTAACAGCAATCGCATCAAGCTCACAt < 2:2583905/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |