Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 309,785 | T→A | 10.7% | intergenic (‑269/‑283) | ykgP ← / → eaeH | pseudogene, oxidoreductase family/pseudogene, attaching and effacing protein homology;factor; Not classified |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 309,785 | 0 | T | A | 10.7% | 786.5 / 63.5 | 251 | intergenic (‑269/‑283) | ykgP/eaeH | pseudogene, oxidoreductase family/pseudogene, attaching and effacing protein homology;factor; Not classified |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (100/124); new base A (16/11); total (116/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATAAAAAATATATTGGTTTATCCTGGCATATATACCTATTTCGACGTATTTCCAATAGTTTTAATTAAAGGCAGGTCATTGTTATTCACTCTGAATAGTGAATTATTCACTGTCCGCAGAGTAAGAAATATAACTTAGGTATCTATTTAATGACTTGCACAAAAAGCTAAATTTTCCCCCATAAATAAAAATATAATCCCGCGCCCAACCACCTGATGAGTGGCTATAGGCACTGGATATATTAGGTGGCGG > CP009273/309636‑309933 | tCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATAAAAAATATATTGGTTTATCCTGGCATATATACCTATTTCGACGTATTTCCAATAGTTTTAATTAAAGGCAGGTCATTGTTATTCACTCTGAATAGTGAatt < 1:69827/150‑1 (MQ=255) tCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATAAAAAATATATTGGTTTATCCTGGCATATATACCTATTTCGACGTATTTCCAATAGTTTTAATTAAAGGCAGGTCATTGTTATTCACTCTGAATAGTGAatt > 2:2841290/1‑150 (MQ=255) gATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATAAAAAATATATTGGTTTATCCTGGCATATATACCTATTTCGACGTATTTCCAATAGTTTTAATTAAAGGCAGGTCATTGTTATTCACTCTGAATAGTGAattat < 1:3585752/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |