| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,525,950 | C→T | 7.3% | intergenic (‑152/‑227) | yhgE ← / → pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,525,950 | 0 | C | T | 7.3% | 833.0 / 39.0 | 245 | intergenic (‑152/‑227) | yhgE/pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/114); new base T (7/11); total (120/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTCAGGAATGCGATTCCACTCACAATATTCCCGCCATATAAACCAAGATTTAACCTTTTGAGAACATTTTCCACACCTAAAATGCTATTTCTGCGATAATAGCAACCGTTTCGTGACAGGAATCACGGAGTTTTTTGTCAAATATGAATTTCTCCAGATACGTAAAT > CP009273/3525801‑3526098 | tGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTCAGGAATGCGATTCCAc < 2:3585238/150‑1 (MQ=255)tGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTCAGGAATGCGATTCCAc > 2:3515047/1‑150 (MQ=255) ggTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTCAGGAATGCGATTCCACt < 1:1666826/150‑1 (MQ=255) 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cACTCACAATATTCCCGCCATATAAACCAAGATTTAACCTTTTGAGAACATTTTCCACACCTAAAATGCTATTTCTGCGATAATAGCAACCGTTTCGTGACAGGAATCACGGAGTTTTTTGTCAAATATGAATTTCTCCAGATACGTaaa < 2:3734739/150‑1 (MQ=255) cACTCACAATATTCCCGCCATATAAACCAAGATTTAACCTTTTGAGAACATTTTCCACACCTAAAATGCTATTTCTGCGATAATAGCAACCGTTTCGTGACAGGAATCACGGAGTTTTTTGTCAAATATGAATTTCTCCAGATACGTaaa > 1:4272737/1‑150 (MQ=255) | TGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTCAGGAATGCGATTCCACTCACAATATTCCCGCCATATAAACCAAGATTTAACCTTTTGAGAACATTTTCCACACCTAAAATGCTATTTCTGCGATAATAGCAACCGTTTCGTGACAGGAATCACGGAGTTTTTTGTCAAATATGAATTTCTCCAGATACGTAAAT > CP009273/3525801‑3526098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |