| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,550,177 | T→A | 5.5% | Q11L (CAG→CTG) | rtcA ← | RNA 3'‑terminal phosphate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,550,177 | 0 | T | A | 5.5% | 920.8 / 28.1 | 281 | Q11L (CAG→CTG) | rtcA | RNA 3'‑terminal phosphate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (112/152); new base A (10/6); total (123/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
TTTCCGTCGCCGCCTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAACTTCCACCAGATCGCTTTGTGCCGCCATCACCGCATCAATATCTTTATACGCCATCGGGATTTCGTCGATCACT > CP009273/3550028‑3550326 | tttCCGTCGCCGCCTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCt > 2:574569/1‑150 (MQ=255) ttCCGTCGCCGCCTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCtg < 1:1889044/150‑1 (MQ=255) tCCGTCGCCGCCTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCtgt < 2:2197718/150‑1 (MQ=255) tCCGTCGCCGCCTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCtgt > 2:2085681/1‑150 (MQ=255) ccGTCGCCGCCTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTGTCGCCCGCCCGGCACGACTGCGGGTGATGGTATATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCtgtg < 2:3885084/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGCCTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTgcg > 1:4272738/1‑150 (MQ=255) tCGCCGCCTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTgcgc > 2:2156933/1‑150 (MQ=255) cgccgcCTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGcc > 1:2150082/1‑150 (MQ=255) gccTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCAGTGCGCCATcc > 1:39671/1‑150 (MQ=255) ccTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCa > 1:1123891/1‑150 (MQ=255) cTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAg > 1:2848775/1‑150 (MQ=255) gcgGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAatc < 1:3647022/150‑1 (MQ=255) ggTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAatcat < 1:3470433/150‑1 (MQ=255) cAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCACTcctcct > 2:460883/1‑150 (MQ=255) cAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCt < 2:1381797/150‑1 (MQ=255) aGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCtt < 1:2271749/150‑1 (MQ=255) aGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCtt < 1:1051690/150‑1 (MQ=255) aGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCtt < 1:1053759/150‑1 (MQ=255) gATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCttt < 2:877019/150‑1 (MQ=255) aTGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCGATCATCCtttt > 2:2813023/1‑150 (MQ=255) aTGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCtttt > 1:233204/1‑150 (MQ=255) aTGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCtttt > 1:2601664/1‑150 (MQ=255) aTGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCtttt < 2:1870502/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTtc > 1:1313005/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTtca < 2:3391234/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTtca > 1:2959566/1‑150 (MQ=255) tGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTtcatc > 2:3999209/1‑150 (MQ=255) cgcAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCAtt < 1:755101/150‑1 (MQ=255) 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tGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGtat < 1:3342762/150‑1 (MQ=255) tGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGtat > 2:4154462/1‑150 (MQ=255) cTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAg < 1:1204454/150‑1 (MQ=255) cTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAg > 1:2749229/1‑150 (MQ=255) ggTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGAt < 2:4266964/150‑1 (MQ=255) 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gATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAAc < 1:926393/150‑1 (MQ=255) aTGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAACt > 2:353387/1‑150 (MQ=255) gTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAACTTcc < 2:3257506/150‑1 (MQ=255) tAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAACTTcca < 2:590897/150‑1 (MQ=255) aaTGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCAGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAACTTccacc > 2:2431772/1‑150 (MQ=255) 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ccGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAACTTCCACCAGATCGCTTTGTGCCGCCATCACCGCATCAatat < 1:2113266/150‑1 (MQ=255) ccGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAACTTCCACCAGATCGCTTTGTGCCGCCATCACCGCATCAatat < 1:2185555/150‑1 (MQ=255) ccGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCAGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAACTTCCACCAGATCGCTTTGTGCCGCCATCACCGCATCAatat > 1:2211045/1‑150 (MQ=255) cGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAACTTCCACCAGATCGCTTTGTGCCGCCATCACCGCATCAATATc < 1:3999209/150‑1 (MQ=255) gAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTCTAGATAACTTCCACCAGATCGCTTTGTGCCGCCATCACCGCATCAATATCt > 1:493677/1‑150 (MQ=255) 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cTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAACTTCCACCAGATCGCTTTGTGCCGCCATCACCGCATCAATATCTTTATACGCCATCGGGATTTCGTCGATCAc < 1:1035345/150‑1 (MQ=255) tgtgCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAACTTCCACCAGATCGCTTTGTGCCGCCATCACCGCATCAATATCTTTATACGCCATCGGGATTTCGTCGATCACt > 1:2417152/1‑150 (MQ=255) | TTTCCGTCGCCGCCTTTACCGCGGTCAGATGCTGGCGCAACAGCCCCGGTTTCGCCCGCCCGGCACGAATGCTGGTGATGGTAAATGGCTGGCCGGTTATCATCGACAGGCTCAGCGCCGAGCGCAGGATCTGCCCGCCACCTTCGCCCTGTGCGCCATCCAGCGCAATCATCCTTTTCATCATTTATCCTTTTACGCACACCACCTGACGCAGGGTATAGATAACTTCCACCAGATCGCTTTGTGCCGCCATCACCGCATCAATATCTTTATACGCCATCGGGATTTCGTCGATCACT > CP009273/3550028‑3550326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |