| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,643,207 | C→A | 7.4% | L305I (CTT→ATT) | arsB → | arsenite/antimonite transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,643,207 | 0 | C | A | 7.4% | 1124.9 / 38.2 | 305 | L305I (CTT→ATT) | arsB | arsenite/antimonite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (139/142); new base A (12/12); total (151/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
CGCTGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATGGCAGCACGGCATCT > CP009273/3643061‑3643356 | cgcTGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCttt > 2:3419227/1‑150 (MQ=255) gcTGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTc < 1:4394765/150‑1 (MQ=255) cTGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGAGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTCt > 2:2198961/1‑150 (MQ=255) 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ggATTAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGAt > 2:89828/1‑150 (MQ=255) aTTAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATgg < 1:1962191/150‑1 (MQ=255) tAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATGgca < 2:4323552/150‑1 (MQ=255) tAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATGgca > 2:191208/1‑150 (MQ=255) tAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATGgca < 1:531270/150‑1 (MQ=255) 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aaTATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATGGCAGCACgg > 2:573069/1‑150 (MQ=255) cTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATGGCAGCACGGCATCt < 1:2708685/150‑1 (MQ=255) | CGCTGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATGGCAGCACGGCATCT > CP009273/3643061‑3643356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |