| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,647,164 | C→A | 8.5% | intergenic (+91/‑157) | yhiS → / → slp | pseudogene/outer membrane lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,647,164 | 0 | C | A | 8.5% | 1192.2 / 53.9 | 328 | intergenic (+91/‑157) | yhiS/slp | pseudogene/outer membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (143/156); new base A (12/16); total (156/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |