Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,676,827 | C→T | 5.9% | intergenic (‑20/+163) | dctA ← / ← yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,676,827 | 0 | C | T | 5.9% | 1058.9 / 37.4 | 307 | intergenic (‑20/+163) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (165/118); new base T (10/8); total (181/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
CTTAACGAAGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAAT > CP009273/3676679‑3676976 | cTTAACGAAGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAAcc > 2:3052740/1‑150 (MQ=255) tAACGAAGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACcac > 2:1311339/1‑150 (MQ=255) cGAAGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAgg > 1:2886324/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |