| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,793,319 | C→A | 5.2% | D80Y (GAT→TAT) | waaZ ← | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,793,319 | 0 | C | A | 5.2% | 1016.1 / 22.7 | 268 | D80Y (GAT→TAT) | waaZ | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/141); new base A (7/7); total (120/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
CTTTATAAAACCACCTTTTTCCCGACGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAATCATCACGACGCTGATGTAAAAATCGGACATCTGTAAGTACATATATAAAAGGAACGATATTATTACTTAACAGATATTGCGCAGAACCATTGACAGCAATAATATCCTTTGTTCGTAATACTGACAAAGGTGTTTTTTGCGATGTAGGGC > CP009273/3793170‑3793468 | cttTATAAAACCACCTTTTTCCCGACGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAatc > 1:2723104/1‑150 (MQ=255)cttTATAAAACCACCTTTTTCCCGACGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAatc > 1:4513082/1‑150 (MQ=255)cttTATAAAACCACCTTTTTCCCGACGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAatc > 1:2387793/1‑150 (MQ=255) ataAAACCACCTTTTTCCCGACGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAAtcatca > 2:285444/1‑150 (MQ=255) aaaCCACCTTTTTCCCGACGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAATCATCacga > 2:4116183/1‑150 (MQ=255) aaaCCACCTTTTTCCCGACGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAATCATCacga > 2:2707012/1‑150 (MQ=255) accaccTTTTTCCCGACGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAATCATCacgacg > 2:3907930/1‑150 (MQ=255) accaccTTTTTCCCGACGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAATCATCacgacg < 2:3461662/150‑1 (MQ=255) 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ccTTTTTCCCGACGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAATAATCACGACGCTGa > 1:3882322/1‑150 (MQ=255) ttttCCCGACGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAATCATCACGACGCTGATGt > 1:639883/1‑150 (MQ=255) tttCCCGACGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAATCATCACGACGCTGATGTa > 2:3040665/1‑150 (MQ=255) aCGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAATCATCACGACGCTGATGTAAAAATCg > 1:3488595/1‑150 (MQ=255) cGGTAAAAGGACCGTAATACGAGGCAGTTCTGGAGGATATAAAGTTTATCTTCTTTGGAAGCGTGTTCATAAACGTCAACGTTTACTATGGTATAACGACTTCTCTGGCTAAATTTATAAAAATCATCACGACGCTGATGTAAAAATCgg < 1:459334/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |