Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,816,686 | G→T | 47.3% | S309S (TCG→TCT) | spoT → | bifunctional (p)ppGpp synthetase II/ guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,816,686 | 0 | G | T | 47.3% | 171.5 / inf | 274 | S309S (TCG→TCT) | spoT | bifunctional (p)ppGpp synthetase II/ guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/79); new base T (53/77); total (118/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
ATCTACGCTTTCCGCGTGATCGTCAATGATTCTGACACCTGTTATCGCGTGCTGGGCCAGATGCACAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATCCGCGCCCAGCGCTGGAT > CP009273/3816537‑3816835 | aTCTACGCTTTCCGCGTGATCGTCAATGATTCTGACACCTGTTATCGCGTGCTGGGCCAGATGCTCAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCg < 1:2251145/150‑1 (MQ=255) aCGCTTTCCGCGTGATCGTCAATGATTCTGACACCTGTTATCGCGAGCTGGGCCAGATGCTCAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAGCGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCgatga < 2:3151188/150‑1 (MQ=255) gCTTTCCGCGTGATCGTCAATGATTCTGACACCTGTTATCGCGTGCTGGGCCAGATGCTCAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCGATGATc < 1:1909623/150‑1 (MQ=255) 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cacCTCTATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATCCGCGCCCAgcg > 2:1587598/1‑150 (MQ=255) cTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATCCGCGCCCAGCGCTg < 1:702313/150‑1 (MQ=255) | ATCTACGCTTTCCGCGTGATCGTCAATGATTCTGACACCTGTTATCGCGTGCTGGGCCAGATGCACAGCCTGTACAAGCCGCGTCCGGGCCGCGTGAAAGACTATATCGCCATTCCAAAAGCGAACGGCTATCAGTCTTTGCACACCTCGATGATCGGCCCGCACGGTGTGCCGGTTGAGGTCCAGATCCGTACCGAAGATATGGACCAGATGGCGGAGATGGGTGTTGCCGCGCACTGGGCTTATAAAGAGCACGGCGAAACCAGTACTACCGCACAAATCCGCGCCCAGCGCTGGAT > CP009273/3816537‑3816835 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |