| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,829,416 | C→A | 8.0% | intergenic (‑127/‑166) | yicJ ← / → selC | putative transporter/tRNA‑Sec |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,829,416 | 0 | C | A | 8.0% | 1062.6 / 42.4 | 295 | intergenic (‑127/‑166) | yicJ/selC | putative transporter/tRNA‑Sec |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (132/139); new base A (12/12); total (144/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
CGGACAACACTTCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCA > CP009273/3829268‑3829564 | cGGACAACACTTCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCg < 1:3576598/150‑1 (MQ=255) gACAACACTTCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGtt > 1:33860/1‑150 (MQ=255) caacaCTTCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTaa < 2:1803390/150‑1 (MQ=255) aacaCTTCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAAt < 1:3312711/150‑1 (MQ=255) ttCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGc > 2:3374015/1‑150 (MQ=255) ttCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGc > 2:2625192/1‑150 (MQ=255) tCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGAGTTAATTCCGCt > 1:690151/1‑150 (MQ=255) aCTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCa < 2:4511159/150‑1 (MQ=255) tctTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGACTATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCata > 1:832444/1‑150 (MQ=255) tctTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCata > 1:3113673/1‑150 (MQ=255) tctTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCata > 1:474138/1‑150 (MQ=255) ttCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCTATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCatata < 2:410339/150‑1 (MQ=255) ttCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCatata > 1:3233563/1‑150 (MQ=255) aTCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCa > 2:2729181/1‑150 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCAt > 1:3147175/1‑150 (MQ=255) cTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCAtt > 2:621025/1‑150 (MQ=255) cTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCAtt > 1:1012404/1‑150 (MQ=255) cTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTa < 2:2963954/150‑1 (MQ=255) 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aGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTatat > 1:3425808/1‑150 (MQ=255) ggggTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAATATATGGGTTTTATATg > 1:2765494/1‑150 (MQ=255) gggTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGa > 1:4172975/1‑150 (MQ=255) cTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACtat < 2:725529/150‑1 (MQ=255) tGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACtatc > 2:3595325/1‑149 (MQ=255) agaCCGATAACGCGTTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAAt < 1:1653604/150‑1 (MQ=255) gaCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATAGGGGTTTTATATGATCTATAATg > 1:2589254/1‑150 (MQ=255) tAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCg > 1:2719329/1‑150 (MQ=255) tAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCg > 2:1672680/1‑150 (MQ=255) tAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCg > 2:6625/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |