Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,837,177 | C→T | 5.6% | intergenic (‑28/‑147) | yicO ← / → ade | putative adenine permease/cryptic adenine deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,837,177 | 0 | C | T | 5.6% | 1054.4 / 33.7 | 301 | intergenic (‑28/‑147) | yicO/ade | putative adenine permease/cryptic adenine deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (130/154); new base T (7/10); total (137/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
AAAAAAGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATAAAATCAAAATGAGAAAAATATG > CP009273/3837028‑3837326 | aaaaaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATc < 2:1484135/150‑1 (MQ=255) aaaaaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATc > 2:68483/1‑150 (MQ=255) aaaaaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATc > 1:2259760/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |