| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,882,020 | G→T | 52.0% | intergenic (+151/‑70) | tnaC → / → tnaA | tryptophanase leader peptide/tryptophanase/L‑cysteine desulfhydrase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,882,020 | 0 | G | T | 52.0% | 53.2 / inf | 310 | intergenic (+151/‑70) | tnaC/tnaA | tryptophanase leader peptide/tryptophanase/L‑cysteine desulfhydrase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (84/65); new base T (68/93); total (152/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |