| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,920,013 | G→T | 8.4% | D117E (GAC→GAA) | asnC ← | transcriptional activator of asnA; autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,920,013 | 0 | G | T | 8.4% | 1049.5 / 45.6 | 285 | D117E (GAC→GAA) | asnC | transcriptional activator of asnA; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (116/145); new base T (6/18); total (122/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.42e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAATATAATGCCGATAAAGCAGCCT > CP009273/3919865‑3920160 | gggATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGt < 2:3576128/150‑1 (MQ=255) ggATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGtc < 1:2665495/150‑1 (MQ=255) tACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGtcgatcg < 1:960218/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |