Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,926,774 | G→T | 5.1% | D22Y (GAT→TAT) | rbsD → | putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,926,774 | 0 | G | T | 5.1% | 1015.2 / 20.6 | 272 | D22Y (GAT→TAT) | rbsD | putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (151/107); new base T (5/9); total (156/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
ACATTTCCGTAACGTCACGATGGTTTTCCCAACTCAGTCAGGATTAAACTGTGGGTCAGCGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCGATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAA > CP009273/3926625‑3926923 | acaTTTCCGTAACGTCACGATGGTTTTCCCAACTCAGTCAGGATTAAACTGTGGGTCAGCGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCg > 1:4238542/1‑150 (MQ=255) tCCGTAACGTCACGATGGTTTTCCCAACTCAGTCAGGATTAAACTGTGGGTCAGCGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACg > 1:794150/1‑150 (MQ=255) tCCGTAACGTCACGATGGTTTTCCCAACTCAGTCAGGATTAAACTGTGGGTCAGCGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACg > 1:3075889/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |