Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,966,854 | C→A | 89.9% | R325S (CGT→AGT) | rffG → | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,966,854 | 0 | C | A | 89.9% | 649.7 / 62.3 | 234 | R325S (CGT→AGT) | rffG | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/6); new base A (98/112); total (116/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.62e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
GAACAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGCGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTGGCGGGCGGTTCCG > CP009273/3966706‑3966998 | gAACAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGCg < 1:403410/150‑1 (MQ=255) aaCAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGt > 1:2775501/1‑150 (MQ=255) aaCAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGt > 1:488090/1‑150 (MQ=255) aCAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTa < 2:3208798/150‑1 (MQ=255) aCAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTa < 2:3788164/150‑1 (MQ=255) aCAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTGTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCCTTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGCGTa > 2:1277190/1‑150 (MQ=255) cAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTaa < 2:4484182/150‑1 (MQ=255) aGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTaaaa > 2:1158493/1‑150 (MQ=255) 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cGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTg < 2:3204120/150‑1 (MQ=255) gcgcACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTAt < 2:1395932/150‑1 (MQ=255) cgcACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATc > 2:74289/1‑150 (MQ=255) aCTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTgg < 2:911607/150‑1 (MQ=255) tATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCTTTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCt < 2:917067/150‑1 (MQ=255) 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tggctgCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATg > 1:3768206/1‑150 (MQ=255) ggctgCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGa > 2:925860/1‑150 (MQ=255) gctgCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGaa > 1:2533368/1‑150 (MQ=255) tgCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGaatg > 2:1005135/1‑148 (MQ=255) tgCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAg < 1:1964796/150‑1 (MQ=255) 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gAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATc < 1:1969529/150‑1 (MQ=255) aaaCCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATcc < 2:4299908/150‑1 (MQ=255) aaaCATTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATcc < 1:4341325/150‑1 (MQ=255) ccTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTgg < 2:1947819/150‑1 (MQ=255) ttttAAAGTGGACTGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTggcg < 2:4206744/150‑1 (MQ=255) tttGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTggcg > 2:1701742/1‑150 (MQ=255) tGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTggcggg < 2:1066894/150‑1 (MQ=255) aGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTGGCGGGCGGt > 2:1370880/1‑150 (MQ=255) gTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTGGCGGGCGGtt < 2:933597/150‑1 (MQ=255) gAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTGATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTGGCGGGCGGTTCCg < 1:397336/150‑1 (MQ=255) gAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTGGCGGGCGGTTCCg > 2:3155682/1‑150 (MQ=255) gAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTGGCGGGCGGTTCCg < 1:754878/150‑1 (MQ=255) | GAACAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGCGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTGGCGGGCGGTTCCG > CP009273/3966706‑3966998 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |