| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,998,903 | C→A | 6.9% | L228I (CTC→ATC) | pldA → | outer membrane phospholipase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,998,903 | 0 | C | A | 6.9% | 968.6 / 29.4 | 260 | L228I (CTC→ATC) | pldA | outer membrane phospholipase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (120/121); new base A (8/11); total (128/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TTTATACTCGCCTGATGGCAGAAAACGGTAACTGGCTGGTAGAAGTGAAGCCGTGGTATGTGGTGGGTAATACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCAACCAGACC > CP009273/3998754‑3999052 | tttATACTCGCCTGATGGCAGAAAACGGTAACTGGCTGGTAGAAGTGAAGCCGTGGTATGTGGTGGGTAATACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGc > 1:1001142/1‑150 (MQ=255) ttATACTCGCCTGATGGCAGAAAACGGTAACTGGCTGGTAGAAGTGAAGCCGTGGTATGTGGTGGGTAATACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGCt < 2:958243/150‑1 (MQ=255) ttATACTCGCCTGATGGCAGAAAACGGTAACTGGCTGGTAGAAGTGAAGCCGTGGTATGTGGTGGGTAATACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGCt < 2:2167530/150‑1 (MQ=255) 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tATCACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTAGACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATc < 2:339875/150‑1 (MQ=255) tCACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGa > 1:2732201/1‑150 (MQ=255) tCACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTGAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGa > 2:3975859/1‑150 (MQ=255) cACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGAc < 1:296298/150‑1 (MQ=255) aCCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACt > 1:4129022/1‑150 (MQ=255) cTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCCGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACtat > 2:3463739/1‑150 (MQ=255) cTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACtat > 1:2549513/1‑150 (MQ=255) ggTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGTGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCAACCa > 1:3755452/1‑150 (MQ=255) ggTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGTGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCAACCa > 1:3755488/1‑150 (MQ=255) gTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCTACCAg > 1:827805/1‑150 (MQ=255) gTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCAACCAg < 2:2597926/150‑1 (MQ=255) gCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCAACCAGAc < 1:2688130/150‑1 (MQ=255) | TTTATACTCGCCTGATGGCAGAAAACGGTAACTGGCTGGTAGAAGTGAAGCCGTGGTATGTGGTGGGTAATACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCAACCAGACC > CP009273/3998754‑3999052 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |