| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,144,606 | C→T | 8.3% | G57E (GGA→GAA) | argE ← | acetylornithine deacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,144,606 | 0 | C | T | 8.3% | 915.5 / 51.1 | 276 | G57E (GGA→GAA) | argE | acetylornithine deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/140); new base T (11/12); total (124/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CGTAAAGCTTGCCGTCATGCTCCGTCAGTGTAAACGGATCGCGCGTCCAGCGACCGTCATCAAATGGCACCGTATCGGTATGCCCCGCCAGCAACAAGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAAT > CP009273/4144457‑4144755 | cGTAAAGCTTGCCGTCATGCTCCGTCAGTGTAAACGGATCGCGCGTCCAGCGACCGTCATCAAATGGCACCGTATCGGTATGCCCCGCCAGCAACAAGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTc < 2:1374753/150‑1 (MQ=255) gTAAAGCTTGCCGTCATGCTCCGTCAGTGTAAACGGATCGCGCGTCCAGCGACCGTCATCAAATGGCACCGTATCGGTATGCCCCGCCAGCAACAAGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTcc > 1:127829/1‑150 (MQ=255) aaGCTTGCCGTCATGCTCCGTCAGTGTAAACGGATCGCGCGTCCAGCGACCGTCATCAAATGGCACCGTATCGGTATGCCCCGCCAGCAACAAGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAAGTTGTTGCGAGTTCCTgg > 2:1007231/1‑150 (MQ=255) 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cAGTGTAAACGGATCGCGCGTCCAGCGACCGTCATCAAATGGCACCGTATCGGTATGCCCCGCCAGCAACAAGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACAtt < 2:4250630/150‑1 (MQ=255) aGTGTAAACGGATCGCGCGTCCAGCGACCGTCATCAAATGGCACCGTATCGGTATGCCCCGCCAGCAACAAGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTg < 1:3566285/150‑1 (MQ=255) tgtAAACGGATCGCGCGTCCAGCGACCGTCATCAAATGGCACCGTATCGGTATGCCCCGCCAGCAACAAGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGaa < 2:152514/150‑1 (MQ=255) tAAACGGATCGCGCGTCCAGCGACCGTCATCAAATGGCACCGTATCGGTATGCCCCGCCAGCAACAAGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGc > 1:951991/1‑150 (MQ=255) tAAACGGATCGCGCGTCCAGCGACCGTCATCAAATGGCACCGTATCGGTATGCCCCGCCAGCAACAAGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGc > 1:1776513/1‑150 (MQ=255) 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tgttgCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTaaa < 2:3667391/150‑1 (MQ=255) gttgCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAAt < 2:414808/150‑1 (MQ=255) ttgCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAAtc < 1:4415813/150‑1 (MQ=255) ttgCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAAtc > 2:259027/1‑150 (MQ=255) cGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCg < 2:3894852/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |