| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,144,697 | C→A | 7.3% | A27S (GCA→TCA) | argE ← | acetylornithine deacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,144,697 | 0 | C | A | 7.3% | 1034.6 / 36.2 | 279 | A27S (GCA→TCA) | argE | acetylornithine deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (108/150); new base A (10/11); total (118/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
CAACAAGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTT > CP009273/4144548‑4144846 | aacaaGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGcc > 1:904670/1‑150 (MQ=255) aacaaGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGcc > 1:1303473/1‑150 (MQ=255) caaGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCctc < 2:1510893/150‑1 (MQ=255) aGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCtt < 1:3612568/150‑1 (MQ=255) aGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCtt < 1:3300718/150‑1 (MQ=255) aGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCtt < 1:1341112/150‑1 (MQ=255) ccgccAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTcc < 1:1067828/150‑1 (MQ=255) ccgccAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTcc < 2:3834087/150‑1 (MQ=255) cgccAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTTCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCg > 1:824066/1‑150 (MQ=255) cgccAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCg > 2:1854211/1‑150 (MQ=255) cgccAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCg > 1:2647694/1‑150 (MQ=255) ccAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTg < 1:3260038/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTg < 1:984405/150‑1 (MQ=255) cTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTAt < 1:2087297/150‑1 (MQ=255) tCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGa > 2:105496/1‑150 (MQ=255) aCTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGgtgt < 2:679683/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGc < 2:2564894/150‑1 (MQ=255) cAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAAt < 1:4006455/150‑1 (MQ=255) 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gAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGcgcg > 1:2133804/1‑150 (MQ=255) aTTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGt < 1:3531856/150‑1 (MQ=255) tttGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTa < 1:1982372/150‑1 (MQ=255) tgttgCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTaaa < 2:3667391/150‑1 (MQ=255) ttgCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAAtc < 1:4415813/150‑1 (MQ=255) cGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCg > 2:568700/1‑150 (MQ=255) aGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGAt < 2:4305285/150‑1 (MQ=255) gTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGACTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATa < 2:1822893/150‑1 (MQ=255) gTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGACTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATa < 2:2180760/150‑1 (MQ=255) tCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTACCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATaaa < 1:4450203/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |