| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,144,818 | G→A | 6.8% | intergenic (‑43/‑111) | argE ← / → argC | acetylornithine deacetylase/N‑acetyl‑gamma‑glutamylphosphate reductase, NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,144,818 | 0 | G | A | 6.8% | 849.2 / 36.0 | 248 | intergenic (‑43/‑111) | argE/argC | acetylornithine deacetylase/N‑acetyl‑gamma‑glutamylphosphate reductase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (115/116); new base A (5/12); total (120/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAGCCCCGATGTTGAATACGCTGATTGTGGGTGCCAGCGGCTACGCTG > CP009273/4144671‑4144968 | aaaTCTGCATTGCTTTGATCGAGTGACTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTAt < 2:4435621/150‑1 (MQ=255) aaaTCTGCATTGCTTTGATCGAGTGACTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTAt > 1:3986342/1‑150 (MQ=255) tCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTa < 2:3682445/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |