| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,219,550 | C→A | 8.1% | R174L (CGT→CTT) | pepE ← | (alpha)‑aspartyl dipeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,219,550 | 0 | C | A | 8.1% | 1068.0 / 41.2 | 288 | R174L (CGT→CTT) | pepE | (alpha)‑aspartyl dipeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (134/130); new base A (14/10); total (148/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
CCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGG > CP009273/4219401‑4219699 | cAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACg > 2:3046825/1‑150 (MQ=255) ggAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAATTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACAGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCAGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACgctgc > 1:4210914/1‑150 (MQ=255) ggAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACgctgc > 1:2120618/1‑150 (MQ=255) gAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACgctgct > 1:2465556/1‑150 (MQ=255) aaCCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTc > 2:3307484/1‑150 (MQ=255) aaCCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTc > 2:1032105/1‑150 (MQ=255) aaCCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTc < 1:4466056/150‑1 (MQ=255) cGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACg < 1:1236097/150‑1 (MQ=255) 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ccAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGaa < 2:4280682/150‑1 (MQ=255) cagcagTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAAt > 2:2512605/1‑150 (MQ=255) agcagTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATa > 1:2102735/1‑150 (MQ=255) cagTTCGCGAATAAGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGt < 2:2057342/150‑1 (MQ=255) gTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTg < 1:4445609/150‑1 (MQ=255) 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gAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGgcaag > 2:2325307/1‑150 (MQ=255) aCGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGcaagcaag > 1:2953625/1‑150 (MQ=255) | CCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGG > CP009273/4219401‑4219699 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |