| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,237,140 | G→T | 5.2% | A143A (GCG→GCT) | malK → | fused maltose transport subunit, ATP‑binding component of ABC superfamily/regulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,237,140 | 0 | G | T | 5.2% | 1159.7 / 24.5 | 305 | A143A (GCG→GCT) | malK | fused maltose transport subunit, ATP‑binding component of ABC superfamily/regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (177/112); new base T (5/11); total (182/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GAAAACATGTCATTTGGCCTGAAACTGGCTGGCGCAAAAAAAGAGGTGATTAACCAACGCGTTAACCAGGTGGCGGAAGTGCTACAACTGGCGCATTTGCTGGATCGCAAACCGAAAGCGCTCTCCGGTGGTCAGCGTCAGCGTGTGGCGATTGGCCGTACGCTGGTGGCCGAGCCAAGCGTATTTTTGCTCGATGAACCGCTCTCCAACCTCGATGCTGCACTGCGTGTGCAAATGCGTATCGAAATCTCCCGTCTGCATAAACGCCTGGGCCGCACAATGATTTACGTCACCCACG > CP009273/4236991‑4237288 | gAAAACATGTCATTTGGCCTGAAACTGGCTGGCGCAAAAAAAGAGGTGATTAACCAACGCGTTAACCAGGTGGCGGAAGTGCTACAACTGGCGCATTTGCTGGATCGCAAACCGAAAGCGCTCTCCGGTGGTCAGCGTCAGCGTGTGGCg < 1:3902225/150‑1 (MQ=255) aaCATGTCATTTGGCCTGAAACTGGCTGGCGCAAAAAAAGAGGTGATTAACCAACGCGTTAACCAGGTGGCGGAAGTGCTACAACTGGCGCATTTGCTGGATCGCAAACCGAAAGCGCTCTCCGGTGGTCAGCGTCAGCGTGTGGCGAtt > 1:3625808/1‑150 (MQ=255) aaCATGTCATTTGGCCTGAAACTGGCTGGCGCAAAAAAAGAGGTGATTAACCAACGCGTTAACCAGGTGGCGGAAGTGCTACAACTGGCGCATTTGCTGGATCGCAAACCGAAAGCGCTCTCCGGTGGTCAGCGTCAGCGTGTGGCGAtt > 1:1942664/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |