| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,256,589 | G→T | 42.7% | E294* (GAA→TAA) | alr → | alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,256,589 | 0 | G | T | 42.7% | 307.7 / inf | 321 | E294* (GAA→TAA) | alr | alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/87); new base T (58/79); total (155/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
CGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAGCGCTTAC > CP009273/4256442‑4256738 | cgtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTaa > 1:3344024/1‑150 (MQ=255)cgtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTaa < 2:352872/150‑1 (MQ=255)cgtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTaa < 1:40084/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |