| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,256,930 | G→T | 6.7% | intergenic (+141/‑112) | alr → / → tyrB | alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding/tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,256,930 | 0 | G | T | 6.7% | 895.5 / 27.3 | 239 | intergenic (+141/‑112) | alr/tyrB | alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding/tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (127/96); new base T (7/9); total (134/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGTTTCAAAAAGTTGACGCCTACGCTGGCGACCCGA > CP009273/4256781‑4257078 | tGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAATGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGa > 2:2897203/1‑150 (MQ=255) gATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGt > 1:2737260/1‑150 (MQ=255) tAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGtctc < 2:1311047/150‑1 (MQ=255) 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taAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCgt > 1:2639568/1‑150 (MQ=255) aGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGtt > 2:1856373/1‑150 (MQ=255) ctGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGTTTCAAAAAGTTg > 2:1693311/1‑150 (MQ=255) ctGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGTTTCAAAAAGTTg > 2:1693648/1‑150 (MQ=255) ctGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGTTTCAAAAAGTTg < 2:2221772/150‑1 (MQ=255) aTGTACGTTTGTCATGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGTTTCAAAAAGTTGACGCCTa > 2:1048500/1‑150 (MQ=255) cGTTTGTCATGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGTTTCAAAAAGTTGACGCCTACGCTg < 2:1816976/150‑1 (MQ=255) tGTCATGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGTTTCAAAAAGTTGACGCCTACGCTGGCGa > 2:1056809/1‑150 (MQ=255) gTCATGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGTTTCAAAAAGTTGACGCCTACGCTGGCGAc > 2:634452/1‑150 (MQ=255) aTGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGTTTCAAAAAGTTGACGCCTACGCTGGCGACCCg > 2:249695/1‑150 (MQ=255) tGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGTTTCAAAAAGTTGACGCCTACGCTGGCGACCCGa > 2:4443822/1‑150 (MQ=255) tGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGTTTCAAAAAGTTGACGCCTACGCTGGCGACCCGa < 1:134874/150‑1 (MQ=255) | GTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCACTCTGTTGCTAATTGCCGTTCGCTCCTGAACATCCACTCGATCTTCGCCTTCTTCCGGTTTATTGTGTTTTAACCACCTGCCCGTAAACCTGGAGAACCATCGCGTGTTTCAAAAAGTTGACGCCTACGCTGGCGACCCGA > CP009273/4256781‑4257078 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |