Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,259,065 | C→A | 50.0% | intergenic (‑125/‑277) | yjbS ← / → aphA | uncharacterized protein/acid phosphatase/phosphotransferase, class B, non‑specific |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,259,065 | 0 | C | A | 50.0% | 102.9 / inf | 328 | intergenic (‑125/‑277) | yjbS/aphA | uncharacterized protein/acid phosphatase/phosphotransferase, class B, non‑specific |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/90); new base A (61/102); total (135/193) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.80e-01 |
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
TGCTATTCACATATGATATATTCATATCATCATCTCCATCGCGAGTAATAAAATTAATCACCATTGTAGGGTAGGGGGCTGGTCAATCAGAAATCATCTTTATAAACTTCGATTGTTTTTGTAATGCTGTATCATTAAGTTCATTAAATCGTACAGCAGATAAATGTTCTATCAAATTTCGCTCATTTGCCGAGGATTCATCATAATAAACGTAAAATTAATGTATCCTTACATCGAGTAATAAACATTTTTTATACAAAAAAAGACAGGAACGTATTTACTGGGTTAAATATAATCA > CP009273/4258916‑4259213 | cTATTCACATATGATATATTCATATCATCATCTCCATCGCGAGTAATAAAATTAATCACCATTGTAGGGTAGGGGGCTGGTCAATCAGAAATCATCTTTATAAACTTCGATTGTTTTTGTAATGCTGTATCATTAAGTTCATTAAATCGt > 1:3658/1‑150 (MQ=255) cTATTCACATATGATATATTCATATCATCATCTCCATCGCGAGTAATAAAATTAATCACCATTGTAGGGTAGGGGGCTGGTCAATCAGAAATCATCTTTATAAACTTCGATTGTTTTTGTAATGCTGTATCATTAAGTTCATTAAATCGt > 1:376415/1‑150 (MQ=255) cTATTCACATATGATATATTCATATCATCATCTCCATCGCGAGTAATAAAATTAATCACCATTGTAGGGTAGGGGGCTGGTCAATCAGAAATCATCTTTATAAACTTCGATTGTTTTTGTAATGCTGTATCATTAAGTTCATTAAATAGt > 1:2342830/1‑150 (MQ=255) 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cATATCATCATCTCCATCGCGAGTAATAAAATTAATCACCATTGTAGGGTAGGGGGCTGGTCAATCAGAAATCATCTTTATAAACTTCGATTGTTTTTGTAATGCTGTATCATTAAGTTCATTAAATCGTACAGCAGATAAATGTTCTAt > 2:323725/1‑150 (MQ=255) atatCATCATCTCCATCGCGAGTAATAAAATTAATCACCATTGTAGGGTAGGGGGCTGGTCAATCAGAAATCATCTTTATAAACTTCGATTGTTTTTGTAATGCTGTATCATTAAGTTCATTAAATCGTACAGCAGATAAATGTTCTATc > 2:3461472/1‑150 (MQ=255) atatCATCATCTCCATCGCGAGTAATAAAATTAATCACCATTGTAGGGTAGGGGGCTGGTCAATCAGAAATCATCTTTATAAACTTCGATTGTTTTTGTAATGCTGTATCATTAAGTTCATTAAATCGTACAGCAGATAAATGTTCTATc < 1:2811021/150‑1 (MQ=255) atatCATCATCTCCATCGCGAGTAATAAAATTAATCACCATTGTAGGGTAGGGGGCTGGTCAATCAGAAATCATCTTTATAAACTTCGATTGTTTTTGTAATGCTGTATCATTAAGTTCATTAAATAGTACAGCAGATAAATGTTCTATc > 2:2265956/1‑150 (MQ=255) atatCATCATCTCCATCGCGAGTAATAAAATTAATCACCATTGTAGGGTAGGGGGCTGGTCAATCAGAAATCATCTTTATAAACTTCGATTGTTTTTGTAATGCTGTATCATTAAGTTCATTAAATAGTACAGCAGATAAATGTTCTATc > 2:692056/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |