Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,295,218 | C→A | 12.2% | M399I (ATG→ATT) | yjcS ← | metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,295,218 | 0 | C | A | 12.2% | 993.6 / 74.8 | 295 | M399I (ATG→ATT) | yjcS | metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (127/132); new base A (16/20); total (143/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
TCTCCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACAG > CP009273/4295070‑4295364 | ctcCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACCCCGCGTGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTCATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCATGTGCAGGCGGCAGCTTAATCAt < 1:4441145/150‑1 (MQ=255) tGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCg > 1:1745011/1‑150 (MQ=255) tGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCg < 2:4100267/150‑1 (MQ=255) gACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGa > 1:2603252/1‑150 (MQ=255) ccATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGAtt > 2:2226725/1‑150 (MQ=255) aTACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATttc > 1:2139863/1‑150 (MQ=255) tACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATttca < 2:3841221/150‑1 (MQ=255) aCGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATttcat < 1:4239394/150‑1 (MQ=255) 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ccGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGATGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATAATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCt < 1:1762026/150‑1 (MQ=255) ccGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCt < 2:2070004/150‑1 (MQ=255) cGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTg < 1:2528845/150‑1 (MQ=255) gggTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTgg < 2:3065818/150‑1 (MQ=255) gggTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTgg < 2:3619402/150‑1 (MQ=255) 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aGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAggg > 1:2861771/1‑150 (MQ=255) aGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAggg > 1:1932016/1‑150 (MQ=255) ccAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTc > 1:611065/1‑150 (MQ=255) ccAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTc > 2:376872/1‑150 (MQ=255) aaGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTg > 1:573512/1‑150 (MQ=255) 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aTTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGGGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGAc > 2:4400641/1‑150 (MQ=255) ttGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGTCCCAGAcc < 1:1963535/150‑1 (MQ=255) ttGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGTCCCAGAcc < 1:4210980/150‑1 (MQ=255) ttGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGAcc < 2:676886/150‑1 (MQ=255) tGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCg < 1:4097545/150‑1 (MQ=255) 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ttAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAAc < 1:3999490/150‑1 (MQ=255) tAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACa > 1:3722366/1‑150 (MQ=255) | TCTCCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTAATCATGTCGCCGATTTCATTCATGGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACAG > CP009273/4295070‑4295364 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |