Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,353,069 | A→T | 6.4% | I19I (ATT→ATA) | yjdC ← | putative transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,353,069 | 0 | A | T | 6.4% | 991.9 / 41.3 | 297 | I19I (ATT→ATA) | yjdC | putative transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (118/160); new base T (11/8); total (129/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
AGCATCAGCTGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGGCTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCTTGTAATTCTAATAATTTCAGGGCTTCTCCCAGTACATCTTCACGTTGCACGCTATTTTCCTCCGTCTTTCCCACTGCAAGTGTCGTTCACGGTTGGCGATCGCGCAAATGTGCGCTGAAGGTTTCAGCATCCATAAAGCCCGT > CP009273/4352920‑4353218 | aGCATCAGCTGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGGCTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCa > 2:1212857/1‑150 (MQ=255) cATCAGCTGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGGCTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCact > 2:2481111/1‑148 (MQ=255) aTCAGCTGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGGCTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATc > 2:2744836/1‑150 (MQ=255) gCTGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGGCTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCTATCCCtt < 1:305011/150‑1 (MQ=255) gCTGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGGCTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCtt < 2:360262/150‑1 (MQ=255) gCTGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGGCTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCtt < 1:1376229/150‑1 (MQ=255) tGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGGCTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCTTGt < 1:2577498/150‑1 (MQ=255) tGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGGCTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCTTGt < 1:2952449/150‑1 (MQ=255) 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aGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCTTGTAATTCTAATAATTTCAGGGCTTCTCCCAGTACATCTTCa < 2:1901130/150‑1 (MQ=255) aGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCTTGTAATTCTAATAATTTCAGGGCTTCTCCCAGTACATCTTCa < 1:3615500/150‑1 (MQ=255) aGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTAGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCTTGTAATTCTAATAATTTCAGCGCTTCTCCCAGTACATCTTCa > 2:1327388/1‑150 (MQ=255) cgcATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCTTGTAATTCTAATAATTTCAGGGCTTCTCCCAGTACATCTTCANg < 2:1470771/150‑1 (MQ=255) cgcATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGTAGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCTTGTAATTCTAATAATTTCAGGGCTTCTCCCAGTACATCTTCACg > 2:4430410/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |