Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,417,551 | A→C | 93.1% | pseudogene (41/402 nt) | ytfA → | pseudogene, related to transcriptional regulators |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,417,551 | 0 | A | C | 93.1% | 715.9 / 23.5 | 203 | pseudogene (41/402 nt) | ytfA | pseudogene, related to transcriptional regulators |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/11); new base C (94/94); total (98/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.15e-01 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
GGGGAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGATTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGA > CP009273/4417404‑4417697 | ggggAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGctt > 2:3468207/1‑150 (MQ=255) ggggAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGctt > 1:1397972/1‑150 (MQ=255) agaAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGAttatta < 1:4299016/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |