| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,523,345 | G→T | 7.7% | A86E (GCG→GAG) | yjhQ ← | putative acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,523,345 | 0 | G | T | 7.7% | 969.6 / 37.3 | 260 | A86E (GCG→GAG) | yjhQ | putative acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/128); new base T (4/16); total (116/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CTCCGGCACAGGGTTCGAACCCATGTCGGGGGTAATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATACCGGGCTAGCAGCGATAACGCGGGGCGCGCGCTTTCATCCTCAAGTAAAGAGGCC > CP009273/4523196‑4523494 | ctcCGGCACAGGGTTCGAACCCATGTCGGGGGTAATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCg < 2:4224346/150‑1 (MQ=255)ctcCGGCACAGGGTTCGAACCCATGTCGGGGGTAATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCg < 2:4223527/150‑1 (MQ=255) ccGGCACAGGGTTCGAACCCATGTCGGGGGTAATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGcc < 2:3035013/150‑1 (MQ=255) 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aGGGTTCGAACCCATGTCGGGGGTAATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTCTTCCGGTATGACCGCCAGGGGAg > 2:1334904/1‑150 (MQ=255) gggTTCGAACCCATGTCGGGGGTAATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGc < 2:2585888/150‑1 (MQ=255) gggTTCGAACCCATGTCGGGGGTAATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGc < 2:3870613/150‑1 (MQ=255) gTTCGAACCCATGTCGGGGGTAATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGa < 2:1185233/150‑1 (MQ=255) ttCGAACCCATGTCGGGGGTAATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAg < 1:15842/150‑1 (MQ=255) 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cGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATACCGGGCTAGCAGCGATAACGCGGGGCGCGCGCTTTCATCCTCAAGTAAAGAGGc < 2:2244609/150‑1 (MQ=255) gCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATACCGGGCTAGCAGCGATAACGCGGGGCGCGCGCTTTCATCCTCAAGTAAAGAGGcc > 2:3912234/1‑150 (MQ=255) | CTCCGGCACAGGGTTCGAACCCATGTCGGGGGTAATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATACCGGGCTAGCAGCGATAACGCGGGGCGCGCGCTTTCATCCTCAAGTAAAGAGGCC > CP009273/4523196‑4523494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |