| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,530,002 | C→A | 7.7% | intergenic (‑684/‑772) | nanC ← / → fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,530,002 | 0 | C | A | 7.7% | 1090.0 / 38.4 | 293 | intergenic (‑684/‑772) | nanC/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (140/130); new base A (14/9); total (154/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
GAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT > CP009273/4529853‑4530151 | aaGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCa < 1:744654/150‑1 (MQ=255) aGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTg > 2:1386233/1‑150 (MQ=255) aGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTg < 2:2176060/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |