| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,531,503 | G→A | 9.0% | intergenic (+127/‑351) | fimB → / → fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,531,503 | 0 | G | A | 9.0% | 1182.7 / 78.4 | 367 | intergenic (+127/‑351) | fimB/fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (173/160); new base A (19/14); total (193/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 368 total aligned reads displayed.
GACAGCGTCACGCTGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATC > CP009273/4531354‑4531651 | cAGCGTCACGCTGTTTTATAGAGATTGTTGAGATACCAGTGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACTATTTATAAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGtt < 1:4172174/150‑1 (MQ=255) cAGCGTCACGCTGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGtt < 2:3660785/150‑1 (MQ=255) aGCGTCACGCTGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTa > 1:2365265/1‑150 (MQ=255) gTCACGCTGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAAcc > 2:3628762/1‑150 (MQ=255) cACGCTGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAAccct > 1:3225221/1‑148 (MQ=255) cGCTGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCatat > 1:3496068/1‑150 (MQ=255) tcTGTTTTATATATATAGTTGAGATTCCAGGGATGTTGTTAAAAACTACATTATTCTTAAGATATATAAAATATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACTTTAAGTTAACCATATc < 2:2460209/149‑1 (MQ=255) gCTGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATc < 1:1853627/150‑1 (MQ=255) tGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCa < 2:461864/150‑1 (MQ=255) tttATAGATATATTTGAGATACCAGGGATGGTTTTAAAAAATACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATAc < 1:2444821/150‑1 (MQ=255) ttATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACa > 2:3393106/1‑150 (MQ=255) ataGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTTTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTGTTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACaaa < 2:2607042/150‑1 (MQ=255) ataGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACaaa < 1:767656/150‑1 (MQ=255) gagaTAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATa < 1:4245790/150‑1 (MQ=255) agaTAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTGTTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATAc < 2:4438684/150‑1 (MQ=255) aTAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACaa > 1:129850/1‑150 (MQ=255) aTAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAATTAACCATATCCATACAAAATACaa < 2:2296845/150‑1 (MQ=255) aTAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTATTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACaa < 1:2882301/150‑1 (MQ=255) agaTACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTa > 2:750205/1‑150 (MQ=255) gaTACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTAt > 2:2184997/1‑150 (MQ=255) gaTACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTAt > 1:316046/1‑150 (MQ=255) cAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGttct < 2:2617859/150‑1 (MQ=255) agtgATTGTGTTAAAAACTACATTATTATTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGttctt < 2:4350722/147‑1 (MQ=255) gggATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGttcttc > 2:1043232/1‑150 (MQ=255) ggATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTTATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCa < 2:2892616/150‑1 (MQ=255) gctGGTGTTAAACACTACATTCTTCTTACGATCTATCAAACATGATTAACCCATTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCat < 2:4022627/148‑2 (MQ=255) aTGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCaaa > 1:4374622/1‑150 (MQ=255) ggTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAaaat < 1:1264151/150‑1 (MQ=255) ggTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAaaat < 2:1840767/150‑1 (MQ=255) gtgtTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAaaata < 2:1118724/150‑1 (MQ=255) gtgtTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAaaata < 1:1717652/150‑1 (MQ=255) tgtTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAATTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAaaataa > 1:2361864/1‑150 (MQ=255) gtTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAaaataaa > 1:3759404/1‑150 (MQ=255) tAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAaataaata < 2:2072604/150‑1 (MQ=255) aaaaCTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAAtaaataaa > 1:2733622/1‑150 (MQ=255) aaaCTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTTACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAAc < 2:3385937/150‑1 (MQ=255) aaaCTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAAc > 2:2375600/1‑150 (MQ=255) aCTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACaa > 2:1927053/1‑150 (MQ=255) aCATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAAt < 1:3175613/150‑1 (MQ=255) cATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAAtc > 1:586335/1‑150 (MQ=255) attattCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAAtca > 2:3819474/1‑150 (MQ=255) attattCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAAtca > 1:1616436/1‑150 (MQ=255) tattCTTACTATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTTATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAAtcatt < 2:4180427/150‑1 (MQ=255) tattCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAAtcatt > 2:4396854/1‑150 (MQ=255) tattCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAAtcatt < 1:168124/150‑1 (MQ=255) ttCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAAtcattca < 1:181681/150‑1 (MQ=255) tACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATaaa > 2:2988412/1‑150 (MQ=255) cGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAAtt < 1:2333616/150‑1 (MQ=255) gATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAAttt > 2:2532025/1‑150 (MQ=255) atatatCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTa > 1:1018858/1‑150 (MQ=255) atatCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATTAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTaca < 2:1783074/150‑1 (MQ=255) tatCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTacac < 2:1142766/150‑1 (MQ=255) tatCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTacac > 1:3623728/1‑150 (MQ=255) tCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACAt > 1:4279645/1‑150 (MQ=255) cAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATc < 2:2303874/150‑1 (MQ=255) tAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAAtc > 2:1053046/1‑150 (MQ=255) tAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAAtc > 2:2325730/1‑150 (MQ=255) ccATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTcc < 2:3906798/150‑1 (MQ=255) aTTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAATTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTg > 1:1544010/1‑150 (MQ=255) ttaATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTcc < 2:857618/150‑1 (MQ=255) ttaATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTcc > 1:2581068/1‑150 (MQ=255) ttaATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTcc < 2:375239/150‑1 (MQ=255) ttaATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTcc < 1:4002348/150‑1 (MQ=255) aTTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCa > 1:1644148/1‑150 (MQ=255) tGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACt < 2:1575023/150‑1 (MQ=255) aTGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACttt < 1:2116611/150‑1 (MQ=255) aTGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACttt > 2:3552060/1‑150 (MQ=255) aTGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATAATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACttt > 2:3552255/1‑150 (MQ=255) aTTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCt > 1:2546605/1‑150 (MQ=255) aaGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTAtt < 2:2001765/150‑1 (MQ=255) aaGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTAtt > 1:148863/1‑150 (MQ=255) aGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTAttt < 1:986469/150‑1 (MQ=255) aGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTAttt > 1:1307148/1‑150 (MQ=255) tgtgATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTAttttt < 2:3374780/150‑1 (MQ=255) gtgATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTAtttttt < 2:136220/150‑1 (MQ=255) gtgATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTAtttttt > 1:3375455/1‑150 (MQ=255) tgATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTa > 2:2948656/1‑150 (MQ=255) ttCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGc > 1:955610/1‑150 (MQ=255) cTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCaa > 1:1906181/1‑150 (MQ=255) cTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCaa < 1:871075/150‑1 (MQ=255) tAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACt < 2:2644915/150‑1 (MQ=255) tAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACt < 1:1147274/150‑1 (MQ=255) tAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACt < 2:125005/150‑1 (MQ=255) tAATTATCATAATAAACATTAAATTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACt < 1:3531754/150‑1 (MQ=255) tAATTATCATAATAAACATTAAATTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACt < 1:2326329/150‑1 (MQ=255) aTTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTgg < 2:2737094/150‑1 (MQ=255) tATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGaa < 1:3353838/150‑1 (MQ=255) tATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGaa > 2:3982107/1‑150 (MQ=255) cATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGtt > 2:3123657/1‑150 (MQ=255) ataataAACATTAAATTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTa < 2:3018927/150‑1 (MQ=255) aataaACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAAt > 1:639783/1‑150 (MQ=255) aataaACATTAAATTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAAt > 1:2714868/1‑150 (MQ=255) aaaCATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCa < 2:2581068/150‑1 (MQ=255) aaCATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCAc > 1:2754165/1‑150 (MQ=255) aCATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCAca > 2:4296439/1‑149 (MQ=255) aTTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGc > 1:2171787/1‑150 (MQ=255) aTTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGc < 1:707596/150‑1 (MQ=255) ttAAGTTGACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCa < 1:3392524/150‑1 (MQ=255) aaGTTAACCTTCTCAATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAATTCTTTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAAt < 1:44169/150‑1 (MQ=255) aaGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAAt < 1:2638587/150‑1 (MQ=255) | GACAGCGTCACGCTGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATC > CP009273/4531354‑4531651 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |