| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,552,902 | A→T | 6.0% | N173K (AAT→AAA) | yjiK ← | SdiA‑regulated family putative membrane‑anchored protein; putative phytase‑like esterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,552,902 | 0 | A | T | 6.0% | 776.1 / 26.7 | 233 | N173K (AAT→AAA) | yjiK | SdiA‑regulated family putative membrane‑anchored protein; putative phytase‑like esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (108/111); new base T (9/5); total (117/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GAGACAGCACCAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGATTTTTCTCTTTAAAAAACCAGAAAGTGTGATCCTGGCGAGAATAAGCCAACCCTTCAAAACCGCAATTGGTTGGGGAGTCTTGCAGCGGGATTTTTATTTTTTTGAGGATTTTTACTTCCGAGTTTGGGGTCAGTGAAATCACATAAAT > CP009273/4552754‑4553051 | gagaCAGCACCAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGACGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGAt < 2:3774249/150‑1 (MQ=255) gaCAGCACCAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGAttt > 2:958356/1‑150 (MQ=255) cAGCACCAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGtttttt < 2:2422818/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |