| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,584,756 | A→T | 74.2% | *305K (TAA→AAA) | yjjM ← | yjjMN operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,584,756 | 0 | A | T | 74.2% | 492.5 / 201.0 | 256 | *305K (TAA→AAA) | yjjM | yjjMN operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/25); new base T (88/102); total (129/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.21e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
AGGTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGCGGCAAATCAGAGCGCTGAGAATGGTCATATGCTCATCGACGGCAATGATAT > CP009273/4584610‑4584905 | aGGTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATg < 1:505556/150‑1 (MQ=255) gTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAg < 2:2421578/150‑1 (MQ=255) gTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAg > 1:2062349/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |