| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 473,645 | G→T | 7.9% | Y143* (TAC→TAA) | ylaB ← | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 473,645 | 0 | G | T | 7.9% | 940.1 / 34.7 | 254 | Y143* (TAC→TAA) | ylaB | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (116/117); new base T (8/13); total (124/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TGAGCAATTTCATCGCTGCTGGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATGTAACGGATAATGCCTAAATCGTTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCTCGGGGAAGGTATCGGGCGGACTTTCATGCTCCAGAGACGAACACTGGGGAACGTTGTTATCGATATAAGCCACT > CP009273/473496‑473792 | tGAGCAATTTCATCGCTGCTGGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATg > 2:1560191/1‑150 (MQ=255) gAGCAATTTCATCGCTGCTGGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATGt > 2:2712837/1‑150 (MQ=255) gCAATTTCATCGCTGCTGGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATGTaa > 1:2717161/1‑150 (MQ=255) cAATTTCATCGCTGCTGGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATGTAAc < 1:2808/150‑1 (MQ=255) aTTTCATCGCTGCTGGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATTTAACgg < 1:1301964/150‑1 (MQ=255) aTTTCATCGCTGCTGGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATGTAACgg < 1:3284293/150‑1 (MQ=255) aTTTCATCGCTGCTGGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATGTAACgg < 1:3374052/150‑1 (MQ=255) aTCGCTGCTGGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATGTAACGGATAAt > 2:2933661/1‑150 (MQ=255) tCGCTGCTGGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATGTAACGGATAATg < 1:1024302/150‑1 (MQ=255) tCGCTGCTGGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATGTAACGGATAATg > 2:828214/1‑150 (MQ=255) gctgctGGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATGTAACGGATAATGcc < 1:1523984/150‑1 (MQ=255) tgGTTATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATGTAACGGATAATGCCTAAAt < 1:3208181/150‑1 (MQ=255) ttATGACAACGTTATGGGCATTGCCAATAATGGCGGCATCAATTTGCCATGAGCTATAGGGAATGACATCAATAAAGGAAGCGGGGTCGATCATGACGACATAATGTGCCGTTCCCATGGCGACCATGTAACGGATAATGCCTAAATCGt > 2:1593179/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |