Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 488,218 | C→A | 13.3% | A224E (GCG→GAG) | dnaX → | DNA polymerase III/DNA elongation factor III, tau and gamma subunits |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 488,218 | 0 | C | A | 13.3% | 878.4 / 76.8 | 269 | A224E (GCG→GAG) | dnaX | DNA polymerase III/DNA elongation factor III, tau and gamma subunits |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (121/112); new base A (16/20); total (137/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
CTCAAGGCGCTGGATGTCGAGCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTG > CP009273/488070‑488364 | aGGCGCTGGATGTCGAGCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTg < 1:581348/150‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGATGTCGAGCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTg < 1:3652016/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGATGTCGAGCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGAGATTGcc < 2:1737302/150‑1 (MQ=255) gcTGGATGTCGAGCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAg < 1:4027286/150‑1 (MQ=255) gcTGGATGTCGAGCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAg < 1:2206912/150‑1 (MQ=255) gcTGGATGTCGAGCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAg < 1:2035613/150‑1 (MQ=255) gcTGGATGTCGAGCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGAGATTGCCAg < 1:1150781/150‑1 (MQ=255) ggATGTCGAGCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCgg > 2:1102581/1‑150 (MQ=255) gTCGAGCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGAc < 2:4501824/150‑1 (MQ=255) gTCGAGCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGAGATTGCCAGCGGTGAc < 2:396399/150‑1 (MQ=255) gCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCa < 1:1581092/150‑1 (MQ=255) gCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCa > 2:543715/1‑150 (MQ=255) cAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGAGATTGCCAGCGGTGACGGCCAg < 1:1409204/150‑1 (MQ=255) aaTTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGt > 1:394988/1‑150 (MQ=255) aTTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGtt < 1:759592/150‑1 (MQ=255) gCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCaa > 1:1445873/1‑150 (MQ=255) gCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCaa > 1:994561/1‑150 (MQ=255) gCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGAGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCaa > 1:3312873/1‑150 (MQ=255) 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tCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCa > 1:553246/1‑150 (MQ=255) tCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCa > 1:2773603/1‑150 (MQ=255) cAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAg < 2:2386309/150‑1 (MQ=255) ttGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCgg > 2:2064163/1‑150 (MQ=255) tGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGt < 2:3618496/150‑1 (MQ=255) aGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCa < 2:3921368/150‑1 (MQ=255) cAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCt < 1:1215581/150‑1 (MQ=255) cAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGAGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCt < 1:192546/150‑1 (MQ=255) aaCGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTg > 1:2830548/1‑150 (MQ=255) aCGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTgg < 1:4160523/150‑1 (MQ=255) 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ggCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGc > 2:1668030/1‑150 (MQ=255) ggCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGc > 2:1668149/1‑150 (MQ=255) aGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAg > 1:1449089/1‑150 (MQ=255) aGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAg > 1:3825489/1‑150 (MQ=255) cTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAgcgc > 2:1824547/1‑150 (MQ=255) cGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTa < 1:616223/150‑1 (MQ=255) agaTGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAAt < 2:1072532/150‑1 (MQ=255) aTGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATgg > 1:2303766/1‑150 (MQ=255) gCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGgcg < 1:4058488/150‑1 (MQ=255) aGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGAtt < 1:742561/150‑1 (MQ=255) aGTCTGACCGACCAGGAGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGAtt < 1:470373/150‑1 (MQ=255) gTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTa > 2:4154370/1‑150 (MQ=255) tCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTaa > 1:3084830/1‑150 (MQ=255) tCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTaa < 1:947286/150‑1 (MQ=255) tGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATg > 1:4420348/1‑150 (MQ=255) tGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATg > 2:3758560/1‑150 (MQ=255) accgaccAGGAGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGaa < 2:377950/150‑1 (MQ=255) cgaccAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGAAGc > 1:2666754/1‑150 (MQ=255) ccAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGAAGCCGc > 2:1459963/1‑150 (MQ=255) cAGGAGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGAAGCCGCt > 1:2463054/1‑150 (MQ=255) aGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTg > 2:719572/1‑150 (MQ=255) aGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTg > 1:2569382/1‑150 (MQ=255) | CTCAAGGCGCTGGATGTCGAGCAAATTCGCCATCAGCTTGAGCACATCCTCAACGAAGAACATATCGCTCACGAGCCGCGGGCGCTGCAATTGCTGGCACGCGCCGCTGAAGGCAGCCTGCGAGATGCCTTAAGTCTGACCGACCAGGCGATTGCCAGCGGTGACGGCCAGGTTTCAACCCAGGCGGTCAGTGCGATGCTGGGTACGCTTGACGACGATCAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTG > CP009273/488070‑488364 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |