Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 500,613 | G→T | 5.3% | G82C (GGT→TGT) | ushA → | bifunctional UDP‑sugar hydrolase/5'‑nucleotidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 500,613 | 0 | G | T | 5.3% | 928.8 / 18.3 | 244 | G82C (GGT→TGT) | ushA | bifunctional UDP‑sugar hydrolase/5'‑nucleotidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (131/100); new base T (8/5); total (139/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
ACAAAATTACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGAACCTGATTTTCGCGGTATGAATCTGGTGGGCTATGACGCGATGGCGATCGGTAATCATGAATTTGATAATCCGCTCACCGTATTACGCCAGCAGGAAAAG > CP009273/500464‑500762 | aaTTACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCACAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTgg > 2:3340973/1‑150 (MQ=255) aTTACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGc < 1:2420005/150‑1 (MQ=255) ttACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCg > 2:1558640/1‑150 (MQ=255) aGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACAt < 1:3926693/150‑1 (MQ=255) aGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACAt > 1:2503107/1‑150 (MQ=255) gCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAacac > 2:4101716/1‑150 (MQ=255) tACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTgg > 2:807222/1‑150 (MQ=255) aaTGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTg < 1:1810784/150‑1 (MQ=255) aaTGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTg < 1:709637/150‑1 (MQ=255) aTGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGc > 2:4531201/1‑150 (MQ=255) gATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGccc < 1:4192067/150‑1 (MQ=255) tcatcaTGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGa > 1:4391004/1‑150 (MQ=255) tcatcaTGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACAATGGCGTGCCCGa > 2:2476777/1‑150 (MQ=255) atcatGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGt > 1:3954708/1‑150 (MQ=255) tcatGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTAGAGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTc > 1:4435159/1‑150 (MQ=255) catGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCt < 1:1278478/150‑1 (MQ=255) ggCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACt > 2:582938/1‑150 (MQ=255) ttttGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAg < 2:4495956/150‑1 (MQ=255) ttttGGCGCAATGAATATGGCGAAAATGGACTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAg < 2:3673083/150‑1 (MQ=255) tttGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAgg > 2:3828682/1‑150 (MQ=255) tGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGAt > 2:870573/1‑150 (MQ=255) tGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGAt > 1:1155665/1‑150 (MQ=255) ggCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACCCTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATg < 1:1471844/150‑1 (MQ=255) ggCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATg < 2:3938331/150‑1 (MQ=255) cgcAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGcc > 2:1754170/1‑150 (MQ=255) gcAATGTATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGTTGGTATCCGCATAGATGTTGCGGCTGATGGCGGTATCTTTCTGCTACTTTCAGGTGGATACATTTACACTGGCGTTCCCGAGTCTGACTTAAAGGAttacg < 2:2140251/150‑5 (MQ=255) gcAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCg > 2:350559/1‑150 (MQ=255) cAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGa < 2:1990897/150‑1 (MQ=255) cAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGa > 2:1858641/1‑150 (MQ=255) aaTGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGaa > 2:3431425/1‑150 (MQ=255) aaTGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGaa > 2:1194783/1‑150 (MQ=255) aaTGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGaa > 2:1853173/1‑150 (MQ=255) gAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAATCGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGAACCt < 1:3088393/150‑1 (MQ=255) gAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCTGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGAACCt > 1:865628/1‑150 (MQ=255) gAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGAACCt < 1:721512/150‑1 (MQ=255) aaTATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGAACCTg < 2:3356793/150‑1 (MQ=255) atatGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGAACCTGa < 1:608966/150‑1 (MQ=255) tatGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCTGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGAACCTGAt > 1:3298496/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |